下载了很久,但是一直处于正在检索,请耐心等待,然后下面那个框里一直是None.
TCGA 里的count 数据可以 log2 化后 ,与GEO数据 整理在一起, 然后用批次处理 调整数据吗
就是在检索的过程中,软件一直提示正在检索,请耐心等待。。。
我在cBioPortal里面下载了brain lower grade glioma和glioblastoma multiforme(TCGA, Provisional)的数据,想找一下和这个相对应的癌旁/正常对照。
TCGA简易下载工具v14中copy number variation与copy number variation.nocnv的区别
... 您好! 我是近期开始学习生信的新手,最近用的TCGA数据都是用V2版下载工具下载的,但V2版无法解析完整的临床信息。 之前看到V6版TCGA能够完整解析,但网上到处都下载不到,希望前辈能提供V6版的下载链接或者下载方...
1、下载raw counts或者FPKM数据,有一些表达很低的基因需要过滤掉,一般有哪些常见的过滤标准呢?EdgeR有没有自带的过滤数据函数? 2、在计算基因表达相关系数和做散点图和拟合直线的时候,数值为0的需要特别处理吗?
已经下载整理好一份基因表达表和一份临床信息表,但不知道怎样结合起来做生存分析
我已下载“TCGA简易下载工具-V8“,但是与使用时,提示与32位操作系统不兼容,所以求知于您,麻烦了!
目前在做肿瘤方向的研究,从TCGA数据库下载的metadata文件和xml文件里都没找到与肿瘤转移相关的信息,想求助一下,肿瘤转移信息的标签是什么?应该搜索什么标签才能找到临床信息文件内的肿瘤转移信息?谢谢
祝老师你好,我前天按protocal在生信人下载了TCGA的数据,但是在LncRNA_ID转换的时候,发现绝大多数LncRNA_ID没有成功转换,大部分依旧是 ENSG开头的探针名,是否后台注释文件有问题?如下图,谢谢解答
CNV文件名中, .nocnv "nocnv" just means that germline CN variations are removed. 所以我如果想看癌症组织中哪些基因是缺失或者变多了,是只需要看 带 .nocnv的吗?然后做个注释,看这个基因在整体中缺失或者变多的频率吗?