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终于TCGA数据下载的终结版上线了，下载地址如：http://vip.sangerbox.com 界面沿用了之前的风格，一张图秒懂： 每种数据类型下载到个人中心后可以看到 合并的数据 和 单个的原始TCGA下载下来的数据，以肝癌FPKM数据下载为例： ...
TCGA简易下载工具V10更新主要在于成熟体miRNA的数据合并上，支持miRNA的isoform合并，从中可以得到新的矩阵然后再使用便捷ID转换器就可以将miRNA的表达谱矩阵转换成-3p、5p的miRNA了
为了方便平时的各种ID转换，工具盒里提供了便捷式的转换工具，主要提供两种方式 1、TCGA的RNA-Seq转换，内置TCGA RNA-Seq数据的ID对应关系无需导入背景文件的转换方式 2、自定义的转换方式，适合GEO的数据的转换
本系列包含3篇博文，介绍了如何下载、处理及初步分析TCGA level3的RNA-seq数据，欢迎大家交流指正。 TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据01 TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据02 TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据03
首先TCGA下载的RNA-seq数据是ensembl的ID,里面包含了六万多个转录本数据，本工具主要是对该数据进行一些基本的转换： 1、提取其中的蛋白编码基因表达谱 2、提取其中的lncRNA表达谱 3、提取其中的假基因表达谱 数据输入要求： ...
偶然遇到一个项目要做某个癌症的TCGA突变频谱： 找遍各个TCGA数据下载的地方都找不着，话说这里https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+MAF+Files 可以找到，但是也没下载下来，不知道是不是没有用了。 最后在http://firebrowse.org/?cohor...
工具下载链接：http://gap.shengxin.ren/tool/9/ 以TCGA简易下载工具下载数据为例，首先下载工具下载之后合并矩阵会得到一个名字为：Merge_matrix.txt 的矩阵 矩阵格式上满足本工具的要求： 打开本工具界面极其简单如下： 从图中...
便捷ID转换器主要功能是将TCGA或GEO数据库中的Gene ID转换为Gene Symbol。 首先是对便捷ID转换器简介 1：输入表达矩阵文件，如TCGA下载肿瘤样本数据或GEO数据库下载数据； 2：输入背景文件，主要输入GEO数据时需要添加对应GPL平...
上节课基础已经打好，本章就开始实操 本期视频我们讲解基于TCGA数据构建mRNA-miRNA-lncRNA三元网络关系 1、TCGA数据库中下载好的数据标准化，用到的工具是SangerBox中的简易标准化工具； 2、标准化后的数据介绍，癌与癌旁样...
号外！号外！TCGA下载工具V12的升级版本上线啦，以后将在SangerBox中更新啦！！ 首先我们登陆SangerBox -> 其他 -> 生信人VPN定制化客户端（详细操作见下面链接） 生信人VPN定制化客户端教程 目前依本版无法支持GEO数据下载，...
工具下载链接：http://gap.shengxin.ren/tool/6/ 例子1： 有多个FPKM文件如： 打开软件，点击“选择多个文件”按钮，然后选择要转换的FPKM样本，当然值得注意的是左侧的复选框，复选框勾选的才会进行转换 然后左下角选择需要转...
TCGA RNASeq数据提供了三种下载格式，很多新手不知道下载哪种格式的数据比较好，因为一些筛选差异的包比如（edgR等）需要Counts，所以很多人去下载了Counts，然后后续却不知道怎么去处理，当然本小工具也不能处理这个Counts，本...
共享小工具，助力科研系列，响应广大坚持在一线科研的同志们的号召，提供生信人小工具，工具的主旨是无需安装，便捷易用，一目了然，本文专用小工具下载链接 全都到这里下载：http://gap.shengxin.ren/ 1、GEO转换器： 教程...
大家好，我们的新的一期数据挖掘系列出炉喽 ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。 TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NH...