用limma包做tcga数据差异分析，应该用下图中的哪个数据？是用标准化后的还是原始数据？如果是做生存分析又是用哪个呢？

TCGA 差异基因分析用的是RNA-htseq-count数据集，count数可以用来做多因素分析和roc曲线？

1.可以重新下载FPKM数据，用小工具转换为TPM进行多因素分析和roc曲线分析？这样文章中有两次下载数据（1一次下载htseq-count，一次下载FPKM）这样可以吗？ 2.count/fpkm/tpm之间存在转换关系?

解决 用TCGA简易工具下载的miRNA数据，合并后的值是以hg38:chr**等开头的一串数值，请教是否需要再重新转换？

请教老师，如题描述，具体数据库数据情况如图所示，下载后并不是直接的counts或者标准化后数据，请问是否需要进行转换？小白请指教

请问我从UCSCXena下载的这份TCGA RNA seq表达谱数据是FPKM数据吗，要做基因差异分析应该使用选择什么方法（limma？DESeq2？），谢谢！

为什么我在用gdc-client下载tcga数据的时候，一点回车，它就显示gdc-client已停止工作？ 希望您能帮帮我，非常感谢！

请问TCGA或GEO数据库做某个基因在某个肿瘤的生存分析过程中，这个基因低值与高值是怎么划分的，是根据什么方法或标准？先谢谢了

进入工具盒后点击LUAD后一直停留在检索TCGA-LUAD上，请问该如何解决？此外启动程序时提示工具盒目录带有中文会影响运行，该如何解决？

解决 您好，有关问题请教。在结肠癌mRNA数据中，样本ID有的是TCGA-A6-2674-01_Rep144。请问最后Rep144此类代表什么意思。万分感谢。

如何打开过大的txt文件，下载了TCGA的甲基化数据，合并后文档大于3G，无法用excel打开~请教用R语言提取其中个别基因的甲基化信息，感谢！

请问在TCGA数据中下载miRNA测序数据为什么对数化处理之后，做WGCNA不好，而且在数据库中已有的标准化数据做wgcna也不好

用简易工具v14下载TCGA的SNP数据该下载哪个？如VarScan2..., MuSE..., MuTect2...,还是SomaticSniper...?各是什么意思？

简易下载工具中肿瘤SNP数据资源包括： VarScan2 Variant Aggregation and Masking(1), MuSE Variant Aggregation and Masking(1), MuTect2 Variant Aggregation and Masking(1), SomaticSniper Variant Aggregation and Masking(1) 各是什么意思？

解决 利用TCGA简易下载工具下载完癌样本和正常样本的RNA-seq并一个表达谱矩阵后，怎么区分矩阵中哪个是正常样本？哪个是癌样本？

您好老师，请问下载GEO数据后，用生信sangerbox转换的时候，直接提示错误，没有任何提醒，还有，从TCGA下载数据之后，怎么按照某个基因表达的高低进行GSEA分析？谢谢老师

请问大佬们，初学者有个问题想请教：从sangerBox上下载TCGA数据，其下载进度一直显示0%，如下图所示，我如何操作可以呢? 如果下载了如何分析呢？

下载TCGA counts数据后用EdgeR做差异分析，后续如果计算lncRNA与mRNA表达的相关系数，是用哪种数据呢？

1、可以用EdgeR包里面的calcNormFactors，estimateCommonDisp，estimateTagwiseDisp标准化出来的结果直接计算Pearson相关系数吗？FPKM可以吗？ 2、EdgeR标准化出来的数据，有一些值为0的数据，计算相关系数的时候需要处理吗？ 3、计算相关系数...