批次

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做了一次mRNA-seq和一次lncRNA-seq（不同时间段做的），共有3组（空白，模型，药理），发现两次结果的差异基因数差别很大（仅统计mRNA数据），即（mRNA-seq测得的模型和给药组的差异基因数50个，而lncRNA-seq测得的差异基因数为1000），请问下一步应该怎么办，不知道哪次的结果是正确的，困扰了我大半年了，希望好心人帮助我解决这个难题，不然没法毕业了

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