简易TCGA下载工具使用教程

简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件,它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外,还提供临床数据的简单处理,将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据;另外,对于RNA-seq,methyarray,miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块,并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程,希望可以帮助大家快速,批量下载TCGA数据。

第一步,在左侧癌症列表中双击选择所需下载的癌症类型attachments-2017-03-kIUJKDUg58da4b82e14a第二步,选择需要下载的样本类型,默认选择原发癌和癌旁正常组织,根据需要单击选择所需样本类型,当所有样本类型均不选则下载所有的样本类型

attachments-2017-03-prmJKpyJ58da4bee4fad

第三步,单击重新检索按钮检索可下载资源列表

attachments-2017-03-cJb9nQE658da4c2bc84e

第四步,根据检索的下载资源列表,单击选择所需下载的数据类型

attachments-2017-03-S6LCS7az58da4c4b58e7

第五步,单击选择,选择数据保存路径,单击确定就可以开始数据的下载任务

attachments-2017-03-KnSPakaN58da4c660ffa

第六步,如下载的数据类型是Clinical,则可以通过Clinical解析按钮将临床xml文件转换成Clinical_matrix.txt文件

attachments-2017-03-ryXcTy5V58da4c8c9511

attachments-2017-03-DhoT94k158da4cabee98

attachments-2017-03-Ek6mt3wB58da4cb79384

单击Clinical解析按钮:

attachments-2017-03-GrNh7V9x58da4d130df0

attachments-2017-03-X22PKoCf58da4d311bff

Clinical解析生成数据Clinical_matrix.txt展示:

attachments-2017-03-iafW6LtD58da4d52b121

如下载的是数据类型是RNA-seqmethyarraymiRNA,则可以通过合并文件按钮将单个文件合并生成矩阵,对于RNA-seq数据,可以通过ENSG_ID转换按钮将默认是ENSG_ID转换为geneSymbol

attachments-2017-03-om4din9h58da4d7000da

attachments-2017-03-UAUQFFqd58da4d9e1429

合并文件生成数据Merge_matrix.txt展示:

attachments-2017-03-AOYSJD9f58da4dca247e

单击ENSG_ID转换按钮:

attachments-2017-03-sr8jRwKE58da4df48048

attachments-2017-03-49UYTVQD58da4e16d145

attachments-2017-03-eF7aev2158da4e282795

ENSG_ID转换生成数据Merge_matrix.txt.cv.txt展示:

attachments-2017-03-4v1JkguA58da4e46599b


  • 发表于 2017-03-28 20:11
  • 阅读 ( 18550 )
  • 分类:软件工具

20 条评论

请先 登录 后评论
不写代码的码农
Fei

生物信息

1 篇文章

作家榜 »

  1. 祝让飞 92 文章
  2. 刘永鑫 64 文章
  3. SXR 44 文章
  4. 调研图 31 文章
  5. 张海伦 31 文章
  6. 生信分析流 26 文章
  7. 爽儿 25 文章
  8. shengxinbaodian 16 文章