简易TCGA下载工具使用教程
简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件，它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外，还提供临床数据的简单处理，将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据；另外，对于RNA-seq，methyarray，miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块，并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程，希望可以帮助大家快速，批量下载TCGA数据。
第一步，在左侧癌症列表中双击选择所需下载的癌症类型
第二步，选择需要下载的样本类型，默认选择原发癌和癌旁正常组织，根据需要单击选择所需样本类型，当所有样本类型均不选则下载所有的样本类型
第三步，单击重新检索按钮检索可下载资源列表
第四步，根据检索的下载资源列表，单击选择所需下载的数据类型
第五步，单击选择，选择数据保存路径，单击确定就可以开始数据的下载任务
第六步，如下载的数据类型是Clinical,则可以通过Clinical解析按钮将临床xml文件转换成Clinical_matrix.txt文件
单击Clinical解析按钮：
Clinical解析生成数据Clinical_matrix.txt展示：
如下载的是数据类型是RNA-seq，methyarray，miRNA，则可以通过合并文件按钮将单个文件合并生成矩阵，对于RNA-seq数据，可以通过ENSG_ID转换按钮将默认是ENSG_ID转换为geneSymbol
合并文件生成数据Merge_matrix.txt展示：
单击ENSG_ID转换按钮:
ENSG_ID转换生成数据Merge_matrix.txt.cv.txt展示：
- 发表于 2017-03-28 20:11
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- 分类：软件工具
