生信扯上免疫相关就是容易上五分啊

肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献,在肿瘤微环境中,免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的;基于ESTIMA...

肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献,在肿瘤微环境中,免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的;基于ESTIMATE算法计算的免疫评分和基质评分可以促进肿瘤中免疫和基质成分的定量;在该算法中,作者通过分析免疫和基质细胞的特定基因表达特征来计算免疫和基质评分以预测非肿瘤细胞的浸润;为了更好地了解免疫和基质细胞相关基因对预后的影响,我们可以系统的分析了肿瘤表达谱挖掘预后不良的肿瘤微环境相关基因,来挖掘其中潜在的调控机制。。。。视频教材见:http://Report.sangerbox.com/Vod/est_ppt_data.zip

来看看这篇五分的文章,免疫微环境+预后基因筛选 轻松上五分

attachments-2019-03-4nTqCQLX5c8657a5382dc.png思路清奇:

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从流程图上来看就几步:

1、下载TCGA数据

2、计算样本免疫微环境评分

3、免疫微环境评分与各个临床特征的关系

4、免疫微环境评分高低与预后的关系

5、免疫微环境评分高低样本的基因表达差异

6、这些差异基因与预后的关系,筛选预后显著相关的差异基因

7、外部数据集验证这些基因

以上七步,无需复杂的编程,全靠在线工具和软件就能搞定,就是这么轻松实在,不信看视频

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  • 发表于 2019-03-11 20:53
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  • 分类:方案研究

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不写代码的码农
祝让飞

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