火山图快速绘制工具

前两期公众号给小伙伴们推荐了两个做基因差异分析网页交互式小工具，很多小伙伴私信小编说，用网页小工具做差异分析，结果文件中的火山图默认只展示差异倍数（即logFC）最大的前十个基因。

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研究背景

如果现在要根据自己的需求想展示具有特殊含义的基因（如和癌症发生增长相关，和免疫相关等等）应该怎样做呢？话不多说，直接上工具。

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使用方法

1.打开网址：

http://sangerbox.com/Tool点击“火山图快速绘制工具”

2.输入数据：

火山图的输入数据是limma、DESeq2等差异基因分析软件教程得出的结果。输入文件为所有基因的差异分析结果且必须包含3列内容：第一列为Gene_symbol，第二列为差异倍数logFC，第三列为FDR（即adj.P.Val），如下图所示。特别注意；用limma包做差异分析时，输出的结果文件包含7列数据，需要用Excel表格手动调整为3列。