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优秀的作品都有三部分曲,如骇客帝国、教父、指环王等。
扩增子系列课程也分为三部曲:
第一部《扩增子图表解读》:加速大家对同行文章的解读能力。
第二部《扩增子分析解读》:学习数据分析的基本思路和流程。
第三部《扩增子统计绘图》:即是对结果进行可视和统计检验,达到出版级的图表结果。
《扩增子统计绘图》系列文章介绍
《扩增子统计绘图》是之前发布的《扩增子图表解读》和《扩增子分析解读》的进阶篇,是在大家可以看懂文献图表,并能开展标准扩增子分析的基础上,进行结果的统计与可视化。其章节设计与《扩增子图表解读》对应,为八节课八种常用图形(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、维恩图、三元图和网络图),基本满足文章常用的图片种类需求。
也适合对公司标准化分析返回结果的进一步统计、可视化及美化,达到出版级别,冲击高分文章。
本部分练习所需文件位于百度网盘,链接:http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密码:y33d。
主要学习箱线图绘制方法,Anova组间统计是否存在显著差异,TurkeyDecideTest方法进行检查。同时以微生物Alpha多样性指数为例进行展示。
其它箱线图绘制教程
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R语言学习 - 箱线图一步法
学习限制性和非限制性主坐标轴分析的应用,以及使用vegan包统计组间差异。
非限制性PCoA,展示样品间最大差异
限制性PCoA,也叫CCA,展示组间间最大差异
本节重点差异基因/OTU分析,后续图全基于此结果 主要学习基于表达或丰度数据计算样品间的相关系数,并采用热图展示及聚类;同时学习edgeR进行组间差异比较的分析过程,获得差异OTU,并进行统计检验;最后用热力呈现差异OTU的丰度情况。
热图展示所有样品相对丰度Pearson相关系数
展示差异基因/OTU的方法,Z-score水平标准化
热图的进一步绘制学习材料
曼哈顿图展示差异OTU所在的门、丰度、上下调关系;是我最推荐的展示差异OTU的方法。
火山图展示差异OTU数量及变化规律
Venn图展示多组间共有和特有OTU/基因/分类单元
展示组特异或共有富集的OTU、丰度、数量等;美观不用説,能用多用,有详细代码和相关自定义函数
这是比较常用的分子生态网络分析流程,主要用于查结点OTU,以及相关性较高的子网络模块。
本文只是使用测试数据,构建MENA的网络;更多网络图绘制,详见 微生物网络构建:MENA, LSA, SparCC和CoNet
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