RNA pull down实验原理及操作步骤

RNA pull down原理-先将体外转录的RNA结合到Beads上,再将RNA-Beads和细胞裂解液孵育,这样与目标RNA结合的蛋白便会一起吸附在Beads上。洗涤掉不结合的蛋白后,用洗脱液将RNA-protein复合物从Beads洗脱下来,之后可以采用Western Blot技术检测特定的结合蛋白,还可以采用质谱方法鉴定与目标RNA结合的未知蛋白。

GST pull down实验—gst融合蛋白沉降技术原理

GST pull down原理:先将体外表达的GST融合蛋白结合到谷胱甘肽Beads上,再将靶蛋白-GST-Beads和细胞裂解液孵育,这样互作蛋白便一起吸附在Beads上。洗涤掉未结合的蛋白后,再用洗脱液将互作蛋白复合物从Beads洗脱下来,即GST pulldown产物。这种互作复合物既可以用WesternBlot检测已知蛋白,也可以用质谱鉴定出未知蛋白。广泛应用于筛选或验证和靶蛋白的互作蛋白。

腺病毒实验5大问题及解决对策

如何解决细胞感染病毒后高死亡率的问题? 1) 一些细胞株有类似E1区活性 若一定要使用该细胞株,改用较低MOI。 2) 细胞内含有内源性病毒(野生型腺病毒可产生辅助病毒样作用,使非重组腺病毒也能 感染细胞),更换冻存的细胞,初代培养的较适用。 3) 建议先进行目的细胞的转染预实验。

重组腺病毒8大优点

1 、宿主范围广,对人致病性低这套腺病毒载体系统可广泛用于人类及非人类蛋白的表达。 腺病毒可感染一系列哺乳动物细胞,因此在大多哺乳动物细胞和组织中均可用来表达重组蛋 白。 2、 在增殖和非增殖细胞中感染和表达基因 逆转录病毒只能感染增殖性细胞,因此 DNA 转 染不能在非增殖细胞中进行,而必须使细胞处于持续培养状态。腺病毒则能感染几乎所有的细 胞类型,除了一些抗腺病毒感染的淋巴瘤细胞。腺病毒是研究原代非增殖细胞基因表达的最佳 系统,它可以将转化细胞和原代细胞中得到的结果直接进行对比。

勤能补拙,过目不忘,提高m6A助力好记性?中科院王秀杰/杨运桂合作最新成果

CellRes | 王秀杰组联合杨运桂组揭示RNA m6A修饰影响长时记忆形成效率长时记忆的形成(long-term memory formation)是哺乳动物适应环境变化、智力发展所必需的,对于人类的社会活动尤其重要。大脑

甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么

在甲基化芯片中,对于CpG位点所在的区域,会有对应的注释信息,比如CpG islands。CpG island是基因组上一段CpG位点密度较高的区域,这个概念是非常常见的 ,出了CpG island 之外,还会有CpG shores, CpG

DNA甲基化测序方法介绍

DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一。 DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲基化是最

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-20 17:07
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TCGA数据发表5分文章

5分TCGA文章的解读

水稻微生物组时间序列分析

中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律图文详解水稻根系微生物随时间变化吗?微生物组随时间变化的规律哪些菌门随时间呈现规律变化呢?哪些菌可以作为生育时间的biomarkers?猜...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-04-10 21:13
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植物根际微生物组也有昼夜节律

植物根际微生物组存在昼夜节律 文章2017年6月发表在Microbiome上,与2016年Cell发表《微生物组昼夜节律影响宿主转录组波动》的小鼠文章思路相似,但材料原创。 摘要背景 昼夜节律调控植物...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-04-04 23:57
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央视与遗传发育所合拍《走进科学-小菌株大作为》——枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

我国是世界上最大的抗生素生产和使用国,同时也是细菌耐药性的重灾区。抗生素滥用问题在医疗特别是畜牧业领域尤其严重。畜牧业养殖户普遍将饲用抗生素添加到饲料中,当做保健品给动物防病,促...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-03-25 22:20
  • 阅读 ( 3687 )

16S+功能预测也能发Sciences:尸体降解过程中的微生物组

Metcalf, J. L., et al. (2016). "Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition." Science 351(6269): 158-162. 于2015年12月10日在线发表,...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-03-21 20:13
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R画月亮阴晴圆缺:corrplot绘图相关系数矩阵

今天是十五元宵节,即是和家人团聚的机会,也是赏月的好日子。 但作为科研汪的我,在狗年应更加努力,争取在狗年旺旺,从加班狗中脱颖而出。 分享一个相关分析可视化实战,祝大家元宵节快乐...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-03-01 22:11
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Cell:人体细菌到究竟有多少,再作报告必引此文

关于人体细菌与人体细胞的比例,有众多文章和学术报告反复引用1972年关于细菌数量是人体细胞10倍的结论来突出细菌的重要性。然而这一46年前的粗糙结论显然不符合最新研究的结果。 以色列魏茨...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-25 17:31
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riverplot绘制桑基图

桑基图是一种方便说明信息、资源流动和图形,图形中的分、合正如漂流的分叉与汇合,如可用于比较不同簇间关系,可以用来表示各个节点之间转换。 Sankey plots are a type of diagram that is c...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-22 16:10
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R语言添加p-value和显著性标记

R语言添加p-value和显著性标记,原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw 作者简介 Introduction taoyan:伪码农,R语言爱好者,爱开源。 个人博客: https://ytlogos.gi...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-18 13:38
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ggalluvial:冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线:突出展示组间物种丰度变化。 冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种,最初开发用于代表网络结构的时间变...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-17 14:49
  • 阅读 ( 6649 )

R语言交互式可视化包CanvasXpress

作者简介 刘永鑫,博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-15 11:18
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Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

本文“宏基因组”公众号原创。 作者:舟行天下编辑:metagenome 摘要 前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊:高通量&无偏差,分析微生物群落的新方法》。 文中摘要提到:1.几十年以来细...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-10 22:41
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视频教程:R语言recharts包绘制交互式图形

写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换,不再为选择类型纠结 甚至...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-07 14:16
  • 阅读 ( 2581 )