南瓜基因组
南瓜基因组
万圣节将至，南瓜灯和糖果是其不可缺少的东西，今天小编给大家简单介绍南瓜基因组文章。
背景
南瓜为葫芦科（Cucurbitaceae）南瓜属（Cucurbita）中的一年生草本植物，起源于美洲大陆，南瓜属共有27个种，中国南瓜、印度南瓜和西葫芦为其中的3个最具经济价值的栽培种。由于其具有抗病性等优势，目前被广泛用做其他瓜类的嫁接砧板。而且印度南瓜（C. maxima）和中国南瓜（C. moschata）的杂交F1代更是具备双亲优点。
结果
印度南瓜和中国南瓜是基于Illumina平台分别测109.3Gb和80.1Gb的高质量数据（过滤低质量和接头后）。
通过Kmer（K=17）评估两个基因组大小分别为386.8Mb和372.0Mb，最终组装得到的基因组分别为271.4Mb（印度南瓜），Contig N50为40.7Kb，Scaffold N50约3.7Mb和269.9Mb（中国南瓜），Contig N50为40.5Kb，Scaffold N50约4.0Mb，通过遗传图谱数据分别将组装结果的77.9%和74.14%挂在到20条染色体上。接下来又通过数据回比、转录组数据比对及BUSCO等评估方法对组装结果评估。详细信息见下表
组装结果中有40%以上的序列为重复序列，其中 long terminal repeat (LTR)为主要重复类型。分别预测32,076和32,205个编码基因，它们基因数目是显著高于同科其他瓜类，同时在这些基因中分别找到30和57个与NBS-LRR（nucleotide-binding site leucine-rich repeat）蛋白表达相关的基因。图形化结果展示见下图。
分别在两个基因组中找到195和170个同源区域，通过分析这些同源对可以表明两个物种都经历了全基因组复制事件，同时进一步研究显示，这两个物种可以被拆成两个亚型A（8条染色体）和B（11条染色体），二倍体祖先可以追溯的30.75 Mya。通过与其他瓜类比较及转录组数据同样验证这个结论。
之后对异源四倍体后的基因组和基因进化进行分析，比较两个亚型功能和表达量上差异等。
最后对印度南瓜和中国南瓜杂交F1子代的研究发现子代等位基因的特异表达是其抗病性、品质等优于亲本的依据。
- 发表于 2017-10-20 14:39
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- 分类：基因组学
