〖生物技术〗单细胞测序方法大比拼

导读 在单细胞研究的大潮中,新的测序方法层出不穷。不过,很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队,在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一

一键式WGCNA,WGCNA的简易便捷分析软件

WGCNA加权基因共表达网络分析主要用来分析不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,WGCNA适用于复杂的数据模式,15个样品以上的数据,利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并与表型进行显著性关联分析,优势在于一是充分利用了信息,二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联,免去了多重假设检验校正的问题。

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  • 发布于 2018-09-03 09:05
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snpEff : 突变位点注释的又一利器

欢迎关注"生信修炼手册"! 之前的文章中介绍了annovar软件的使用,除了annovar以外,snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。这款软件基于java语言进行开发,安装过程相对简单,下载之后解压

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  • 生信
  • 发布于 2018-08-30 08:54
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193种已发表植物基因组植物

截止 2018 年 4 月,约有 193 种植物完成了基因组测序,详情查看下图:

用公共数据发文章-基因家族分析好思路

利用公共数据发文章,基因家族好思路。 虽然我们一直在说可以“用别人的数据,写自己的文章”,但是具体怎么操作,很多同学还是不清楚。今天就用一个完全用公共数据库资源进行分析发文的例子来和大家分享下这方面的思路。

视频讲解0实验成本的发文方法——基因家族分析

视频教程讲解基因家族分析方法,真正做到“用别人的数据,发自己的文章”!

一个认真分享基因组学知识和生物信息技术的公众号

如果你对基因组学或者生物信息学感兴趣,那么关注解螺旋的矿工,你一定会有所收获的。

BRIG∣原核生物比较基因组圈图展示神器

原核生物比较基因组圈图如何展示,BRIG软件教您轻松搞定!

微生物组:3分和30分文章差距在哪里?

好的分析和可视化,可以提供大量的信息,同时兼顾简洁优雅。 今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素,仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文章差距在哪里?

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-14 21:31
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比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord

线性判别分析LDA 线性判别分析,英文Linear Discriminant Analysis, 以下简称LDA。LDA在模式识别领域(比如人脸识别,舰艇识别等图形图像识别领域)中有非常广泛的应用,在生物学大数据研究中...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-07 09:16
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分享一个基因融合(Gene_Fusion)检测的新软件--Arriba

基因融合检测软件

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  • 文虎
  • 发布于 2017-12-24 15:58
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RegulomeDB和HaploReg数据库:后GWAS时代的数据整合

RegulomeDB和HaploReg数据库提供了将大量基因组学数据与非编码突变整合的思路。

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  • Bryce
  • 发布于 2017-12-05 12:33
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SesameFG:芝麻功能基因组学的综合数据库

SesameFG为芝麻功能基因组学研究和分子育种提供了宝贵的资源和工具

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  • 发布于 2017-11-06 21:05
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芦笋基因组揭示了Y染色体的起源和进化

背景 有花植物中,雌雄异株的植物仅占6%,涵盖约200个科60个属的14600个物种。所有雌雄异株植物有可能进化出性染色体,其中簸箕柳和芦笋等植物的同型性染色体处于进化早期。通常认为植物性染...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-11-06 20:49
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南瓜基因组

南瓜基因组 万圣节将至,南瓜灯和糖果是其不可缺少的东西,今天小编给大家简单介绍南瓜基因组文章。 背景 南瓜为葫芦科(Cucurbitaceae)南瓜属(Cucurbita)中的一年生草本植物,起源于...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-10-20 14:39
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17年Molecular Plant水稻数据库RIGW介绍

水稻数据库又发表了。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-10-16 13:38
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基因组去哪儿了

今天跟大家解读下发在gigascience上的三篇基因组文章:大额牛、椰子和人参。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-10-14 10:57
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干货|基因注释方法论

简单介绍基因预测方法 现如今随着测序技术的发展,组装一个完整的基因组也是越来越普遍,价格已经不像前些年那样昂贵(当然超大基因组除外),待基因组组装完成后,基因预测将会是接下来需要进...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-08-02 20:36
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MECAT:PC组装人的基因组

今天给大家推荐一款牛叉的三代组装软件,号称资源浪费少,绿色又环保,而且在个人笔记本上毫无压力的软件——MECAT。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-06-26 16:31
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TCGA CNV全攻略

TCGA里面主要是通过Affymetrix SNP6.0 array这款芯片来测拷贝数变异!