ROC简易分析工具使用

ROC分析主要针对 存在一组真实的连续型数值数据设定阈值的不同对响应变量(二分类)的影响(真阳性率、假阳性率),它常用于 模型的构建过程中对结果预测的性能的一个评估,我们主要分为两类...

ROC分析主要针对 存在一组真实的连续型数值数据设定阈值的不同对响应变量(二分类)的影响(真阳性率、假阳性率),它常用于 模型的构建过程中对结果预测的性能的一个评估,我们主要分为两类

一类是:时间依赖性ROC,比如 预后模型中,1、3、5年的ROC曲线

一类是:诊断性的ROC,比如 某基因的表达与癌与癌旁的分类性能

ROC分析常用名词解释:

ROC: receiver operating characteristic,ROC曲线

AUC: area under the ROC curve,曲线下面积

pAUC: partial area under the ROC curve 部分曲线下面积

CI: confidence interval 置信区间

SP: specificity 特异度

SE: sensitivity 灵敏度

数据输入也非常简单,首先我们需要了解 我们绘制的是 诊断类的ROC(标准ROC),还是 时间依赖性ROC.
当绘制未时间依赖性ROC时,我们需要准备 三列数据,一列是 时间,一列是 状态(比如死亡,复发,响应等),一列是 目标值(比如 预后评分、基因表达等)
attachments-2021-09-yHT2OCoP61419a6603220.png
当绘制的是 标准ROC时,我们需要准备两列数据,一列是 状态(比如:死亡、复发、药物响应、癌与癌旁等),一列是 目标值,比如诊断评分、基因表达等
attachments-2021-09-Xg919f3k61419ad07e29f.png

提交之后即可获得图片结果
attachments-2021-09-wXMlFsWt61419b5d11b29.png方法学写作示例:
attachments-2021-09-KH8qSkAe61419b7f23a33.png

  • 发表于 2021-09-15 15:07
  • 阅读 ( 3050 )
  • 分类:软件工具

0 条评论

请先 登录 后评论
不写代码的码农
admin

57 篇文章

作家榜 »

  1. 祝让飞 118 文章
  2. 柚子 91 文章
  3. 刘永鑫 64 文章
  4. admin 57 文章
  5. 生信分析流 55 文章
  6. SXR 44 文章
  7. 张海伦 31 文章
  8. 爽儿 25 文章