分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板

效果图如: library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time,        delta=status        ,marker=test.score,        cause=1,weighting="marginal",        times=c(12,12*3,1...

效果图如:

attachments-2019-02-cP5e057q5c6a19f7b95d0.png

library(timeROC)
library(survival)
ROC.DSST=timeROC(T=time,
        delta=status
        ,marker=test.score,
        cause=1,weighting="marginal",
        times=c(12,12*3,12*5,12*10),
        iid=TRUE)
plot(c(0,1),c(0,1),type='l',xlab='False positive rate',ylab='Ture positive rate')
for(i in 1:length(ROC.DSST$times)){
  los=lowess(ROC.DSST$FP[,i], y=ROC.DSST$TP[,i], f = 1/3, iter = 100)
  los$x=c(0,los$x,1)
  los$y=c(0,los$y,1)
  lines(los,col=rainbow(length(ROC.DSST$times))[i],lwd = 2)
}
if(max(ROC.DSST$times)<20){
  lb='Years'
}else if(max(ROC.DSST$times)<365){
  lb='months'
}else{
  lb='days'
}
legend('bottomright',paste0(ROC.DSST$times
                            ,'-',lb
                            ,' '
                            #,' AUC='
                            ,round(ROC.DSST$AUC,2)
                            ,' '
                            ,paste0(round(confint(ROC.DSST,level = 0.9)$CI_AUC[,1],2),'-',
                                    round(confint(ROC.DSST,level = 0.9)$CI_AUC[,2],2))
                            )
       ,col = rainbow(length(ROC.DSST$times))
       ,lty = rep(1,length(ROC.DSST$times)),lwd=rep(1,length(ROC.DSST$times))
       ,merge = TRUE,cex = 0.8
       ,title = paste0(paste0(rep(' ',ceiling(strwidth(paste0(ROC.DSST$times[1]
                                                            ,'-',lb
                                                            ,' '))/strwidth(' '))),collapse = ''),'AUC 95%CI'))

进一步获取p值的函数为:compare



  • 发表于 2019-02-18 10:38
  • 阅读 ( 8658 )
  • 分类:编程语言

2 条评论

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