分享一个基因融合(Gene_Fusion)检测的新软件--Arriba
基因融合检测软件
这是上个月我们所举办博士海报 (PhD poster presentation) 时站我前面的德国小哥的作品，全场120张海报，就数他的最炫彩，而且作者只有一个人 (颇有我的神韵 )，可叹的是，因为是偏算法的，少人问津。不过这倒是给了我充足的讨教时间，等我的poster session一结束，我就窜过去了。软件名字叫Arriba (西班牙语，意思是up，我觉得中文可以理解为顶，雄起  )，作者名字Sebastian uhrig，课题组地址：Division of Applied Bioinformatics，软件的github地址是：arriba。这个软件目前参加了由International Cancer Genome Consortium (ICGC)和The Cancer Genome Atlas (TCGA)主办的软件竞赛DREAM SMC RNA Challenge，分属于Fusion组，目前进入第四轮，performance始终排名第一，不出意外，肯定入选最终pipeline。从他的海报数据上看，还是挺吓人的，其他几款软件耗时几十个小时，Arriba只最多花了5分钟左右，而且从他的解释来看，并不是一味的用空间换时间，而主要是算法上的改进！ 因为我现在并不是做这个方向 (以后说不准也会~~)，在这里主要给这位小哥打call，并且将好东西推介给有需要的人  |
- 发表于 2017-12-24 15:58
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- 分类：基因组学
