视频教程:R语言recharts包绘制交互式图形

写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换,不再为选择类型纠结 甚至...

写在前面

image

你见过随月份变化的温度拆线图

image

你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图

image

互联网中铺天盖地的词云

image

线图、柱状图、堆叠图任意切换,不再为选择类型纠结

image

甚至是随心所欲的力导向布局图

今天不是带你来看图,而是带你画图的。只安成功安装recharts包,半小时带实现以上全部图型。

视频教程

相关内容太多,文字传达不便,故录了一个小视频,帮助大家理解和实操。

点击以下链接访问,在线观看1080p高清。https://v.qq.com/x/page/m0546uuyeib.html Recharts包简介、安装和使用视频教程

公众号后台回复"recharts"获得高清视频下载链接,本地播放效果更佳

R--交互式图表recharts包

recharts 是从Yihui Xie fork而来。它基于百度Echarts2的最后一个稳定发布版(v2.2.7)开发。本文档始终反映recharts最新的特性(Github)。基于Echarts3的recharts2包仍在开发中。

recharts是一个用于可视化的R加载包,它提供了一套面向JavaScript库ECharts2的接口。此包的目的是让R用户即便不精通HTML或JavaScript,也能用很少的代码做出Echarts交互图——当然,懂一点JavaScript的话会更如虎添翼。下面这个散点图展示了本包的基本语法:

Website: http://madlogos.github.io/recharts

原始代码

可以访问官网教程更详细,也可以按下文我节选的部分操作,配合视频教程,学习和理解。

请将本文的代码,用Rstudio保存为recharts.r的文件中。

手动设置工作目录:Session - Set Work Directory - To Source File Location

# 1. 依赖关系检查、安装和加载
# 1.1 安装CRAN来源常用包
# 我要北京使用清华镜像下载超快,比官方快100倍,下载几乎不用等待,大家下载有问题可以更新自己较快的国内镜像,如中科大、英荔教育、兰大、同济,详见https://cran.r-project.org/mirrors.html
site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
# 参数解析、数据变换、绘图和开发包安装、安装依赖、ggplot主题
package_list <- c("optparse","reshape2","ggplot2","devtools","bindrcpp",
                  "ggthemes")
for(p in package_list){
  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){
    install.packages(p, repos=site)
    suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
  }
}

# 1.2 安装bioconductor常用包
# 参数解析、数据变换、绘图和开发包安装
package_list <- c("digest")
for(p in package_list){
  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite(p)
    suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
  }
}

# 1.3 安装Github常用包
# 参数解析、数据变换、绘图和开发包安装
package_list <- c("kassambara/ggpubr","madlogos/recharts")
for(p in package_list){
  q=unlist(strsplit(p,split = "/"))[2]
  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(q, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){
    install_github(p)
    suppressWarnings(suppressMessages(library(q, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
  }
}



# 2. 开始画图

# 2.1 散点图/气泡图

# 测试数据iris来自MASS
library(MASS)

# 查看测试数据,不同鸢尾个体花萼片和花瓣长度
head(iris)

# 绘制花萼宽为X轴,花辨宽为Y轴散点图
echartr(iris, x=Sepal.Width, y=Petal.Width)

# 图片为交互相图像,鼠标悬停有参考线和坐标,点可选并显示数值,
# 可切换为数据视图和局部缩放,可另存为pnghtml交互图

# 多个维度:series控制分组形状和着色
echartr(iris, x=Sepal.Width, y=Petal.Width, series=Species)

# 图中分组可以按图例开关,同时作标轴跟随移动

# 气泡图:weight控制气泡大小为花瓣长,type选择图表类型scatter/point/bubble类型
echartr(iris, Sepal.Width, Petal.Width, series = Species, 
        weight=Petal.Length, type='bubble')

# 散点图:点着连续数值对应颜色

# 将数据点按花瓣大小着色,类似热图
echartr(iris, Sepal.Width, Petal.Width, weight=Petal.Length) %>%
  setDataRange(calculable=TRUE, splitNumber=0, labels=c('Big','Small'),
               color=c('red', 'yellow', 'green'), valueRange=c(0, 2.5))

# 2.2 折线图

# 先改造下内置数据集:
aq <- airquality
head(aq)
aq$Date <- as.Date(paste('1973', aq$Month, aq$Day, sep='-'))
aq$Day <- as.character(aq$Day)
aq$Month <- factor(aq$Month, labels=c("May", "Jun", "Jul", "Aug", "Sep"))
head(aq)

# 绘制时间-温度变化折线图,设置标题和符号类型为空
echartr(aq, Date, Temp, type='line') %>%
  setTitle('NY Temperature May - Sep 1973') %>% setSymbols('none')

# 设置按月分组,符号为空心圆
echartr(aq, Day, Temp, Month, type='line') %>%
  setTitle('NY Temperature May - Sep 1973, by Month') %>% 
  setSymbols('emptycircle')
# 记得可以点选图例开关分组哟

# 带有时间轴,时间为月,可播放的小动图,是不是B格满满:
echartr(aq, Day, Temp, t=Month, type='line') %>%
  setTitle('NY Temperature May - Sep 1973, by Month') %>% 
  setSymbols('emptycircle')

# 堆叠面积图:type属性控制面积,subtype控制堆叠stack
echartr(aq, Day, Temp, Month, type='area', subtype='stack') %>%
  setTitle('NY Temperature May - Sep 1973, by Month') %>% 
  setSymbols('emptycircle')

# 2.3 饼图

# 基于泰坦尼克数据,重构内置数据集
# 显示数据结构,包括孩子、成人的生或死共4个表,包括1/2/3等舱和船员中性别分布
str(Titanic)
# 表格按行求和,再进行转换长表达
titanic <- data.table::melt(apply(Titanic, c(1,4), sum))
# 修改列名
names(titanic) <- c('Class', 'Survived', 'Count')
# knitr格式化表达
knitr::kable(titanic)

# 画饼图,按舱级别class分组显示数值和比例
echartr(titanic, Class, Count, type='pie') %>%
  setTitle('Titanic: N by Cabin Class')
# 右上角按扭可以切换为漏斗图

# 多个饼图:按Class分面,每面中显示存活率
echartr(titanic, Survived, Count, facet=Class, type='pie') %>%
  setTitle('Titanic: Survival Outcome by Cabin Class')

# 环图,中空饼图:按Class分面,每面中显示存活率
echartr(titanic, Survived, Count, facet=Class, type='ring') %>%
  setTitle('Titanic: Survival Outcome by Cabin Class')

# 信息图样环图:总和为100%,突出组间比较
ds <- data.frame(q=c('68% feel good', '29% feel bad', '3% have no feelings'),
                 a=c(68, 29, 3))
g <- echartr(ds, q, a, type='ring', subtype='info') %>% 
  setTheme('macarons', width=800, height=600) %>%
  setTitle('How do you feel?','ring_info', 
           pos=c('center','center', 'horizontal'))
g

# 南丁格尔玫瑰图:中空饼图,高度和比例正相关
echartr(titanic, Class, Count, facet=Survived, type='rose', subtype='radius') %>% 
  setTitle('Titanic: Survival Outcome by Cabin Class')

# 2.4 雷达图

# 筛选内置数据mtcars的某些行和列,重构内置数据集
cars = mtcars[c('Merc 450SE','Merc 450SL','Merc 450SLC'),
              c('mpg','disp','hp','qsec','wt','drat')]
cars$model <- rownames(cars)
cars <- data.table::melt(cars, id.vars='model')
names(cars) <- c('model', 'indicator', 'Parameter')
knitr::kable(cars)

# 单个雷达图:展示不同车的性能指标
echartr(cars, indicator, Parameter, model, type='radar', sub='fill') %>%
  setTitle('Merc 450SE  vs  450SL  vs  450SLC')

# 多个雷达图:按车型分面,每图展示车性能类型对应的数值
echartr(cars, indicator, Parameter, facet=model, type='radar') %>%
  setTitle('Merc 450SE  vs  450SL  vs  450SLC')

# 2.5 仪表盘图gauge plot

# 构造一个数据集:
data = data.frame(x=rep(c('KR/min', 'Kph'), 2), y=c(3.3, 56, 9.5, 88), 
                  z=c(rep('t1', 2), rep('t2', 2)))
# 表格展示数据
knitr::kable(data)

# 显示表中第一个值
echartr(data, x, y, type='gauge')

# 多个dashboard:按类型分类,可以显示两种速度类型
echartr(data, x, y, facet=x, type='gauge')

# 带时间轴:按时间轴动图
echartr(data, x, y, facet=x, t=z, type='gauge')

# 2.6 柱状混合图

# 数据筛选和变换
d <- data.table::dcast(mtcars, carb+gear~., mean, value.var='mpg')
names(d)[3] <- 'mean.mpg'
d$carb <- as.character(d$carb)
head(d)
# 绘图,按gear分组,三组分别为柱状图和线图
echartr(d, carb, "mean.mpg", gear, type=c('vbar', 'vbar', 'line')) %>% 
  setSymbols('emptycircle')
# 可以按右上角点选切换线图、柱状图、堆叠柱状图



# 3 修改图的细节

# 3.1 简单的两组散点图示例
g = echartr(mtcars, wt, mpg, factor(am, labels=c('Automatic', 'Manual')))
g

# 3.2 可以调用低级函数setSeries来修改第二组,点大小为8,并旋转30
g %>% setSeries(series=2, symbolSize=8, symbolRotate=30)

# 3.3 给两个数据系列分别添加各自的均数标注线
g %>% addMarkLine(data=data.frame(type='average', name1='Avg'))

# 3.4 标注点markPoint
# 给第一个数据系列(Automatic)标出最大值的点。
g %>% addMarkPoint(series=1, data=data.frame(type='max', name='Max'))

# 3.5 添加标题(红色)和副标题(超级链接到 https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/datasets/html/mtcars.html)

link <- 'https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/datasets/html/mtcars.html'
g %>% setTitle('wt vs mpg', paste0('[Motor Trend](', link, ')'), 
               textStyle=list(color='red'))

# 3.6 修改图例(青柠色/绿黄色),初始化时只选中第一系列(Automatic),可以手动选择
g %>% setLegend(selected='Automatic', textStyle=list(color='lime'))

# 3.7 修改工具箱显示语言为英文,并置于交互图右上角,垂直显示。
g %>% setToolbox(lang='en', pos=2)

# 3.8 添加缩放漫游控件(初始时不显示).
g %>% setDataZoom()

# 3.9 调整坐标轴,使x-y-坐标交叉于零点。
g %>% setXAxis(min=0) %>% setYAxis(min=0)

# 主题Theme: 使用’dark’主题。可以选择的自带主题包括“macarons, infographic, blue, dark, gray, green, helianthus, macarons2, mint, red, roma, sakura, shine,  vintage”。
# 拖曳重算(Calculable)Echarts特有的交互方式。在某些图(如饼图)中,效果比较好。
g %>% setTheme('dark', calculable=TRUE)

# 图标Symbols:把第1系列(Automatic)的图标改为’heart’,第2系列(Manual)的图标改为’star6’。
g %>% setSymbols(c('heart', 'star6'))

# 合起来Altogether: 你可以把上述步骤用%>%合起来。如果你对JavaScript很熟悉,你可以把JavaScript片段包在JS()函数中,以获得更好的效果。
g %>% setSeries(series=2, symbolSize=8, symbolRotate=30) %>% 
  addMarkLine(data=data.frame(type='average', name1='Avg')) %>%
  addMarkPoint(series=1, data=data.frame(type='max', name='Max')) %>%
  setTitle('wt vs mpg', paste0('[Motor Trend](', link, ')'), 
           textStyle=list(color='red')) %>%
  setLegend(selected='Automatic', textStyle=list(color='lime')) %>%
  setToolbox(lang='en', pos=2) %>% setDataZoom() %>% 
  setTheme('dark', calculable=TRUE) %>% setSymbols(c('heart', 'star6'))



# 4. B格类图

# 4.1  和弦图Chord Chart
mat <- as.data.frame(rbind(
  c(11975,  5871, 8916, 2868),
  c( 1951, 10048, 2060, 6171),
  c( 8010, 16145, 8090, 8045),
  c( 1013,   990,  940, 6907)
))
names(mat) <- c("group1", "group2", "group3", "group4")
mat$name <- names(mat)

echartr(mat, x=name, y=c(group1, group2, group3, group4), type="chord", 
        subtype='ribbon + asc + descsub + hidelab + scaletext') %>%
  setTitle("测试数据", subtitle="From d3.js", pos=5)

# 4.2 力导向布局图Force Chart

# 准备数据
grpmtx <- matrix(c(11975, 5871, 8916, 2868, 1951, 10048, 2060, 6171, 8010, 16145,
                   8090, 8045, 1013, 990, 940, 6907), byrow=TRUE, nrow=4)
grpmtx <- as.data.frame(grpmtx)
names(grpmtx) <- paste0('Group', 1:4)
grpmtx$Name <- paste0('Group', 1:4)
knitr::kable(grpmtx, align=c('lllll'))
# 点和边设置
nodes <- cbind(yuNetwork$nodes[,1], NA, yuNetwork$nodes[,2:3],
               stringsAsFactors=FALSE)
names(nodes) <- names(yuNetwork$links)
yu <- rbind(yuNetwork$links, nodes, stringsAsFactors=FALSE)
# 曲线连接
echartr(yu, c(source, target), weight, relation, type='force') %>% 
  setTitle("Yu Family of Shaoxing") %>% setTheme(palette=c(
    'tan3','green3','green2','lawngreen','olivedrab1'))

# 4.3 词云

# 获取实时百度热词,不同时间画的都不同
getBaiduHot <- function(url, top=30, HTMLencoding=NULL){
  baiduhot <- paste0(readLines(url), collapse="")
  charset <- gsub('^.+charset=([[:alnum:]-]+?)[^[:alnum:]-].+$', "\\1", 
                  baiduhot)
  if (is.null(HTMLencoding)) if (!is.null(charset)) HTMLencoding <- charset
  baiduhot <- stringr::str_conv(baiduhot, HTMLencoding)
  hotword <- gsub(".+?<a class=\"list-title\"[^>]+?>([^<>]+?)</a>.+?<span class=\"icon-(rise|fair|fall)\">(\\d+?)</span>.+?","\\1\t\\3\t\\2\t", baiduhot)
  hotword <- enc2native(gsub("^(.+?)\t{4,}.+$","\\1", hotword))
  hotword <- t(matrix(unlist(strsplit(hotword,"\t")), nrow=3))
  hotword <- as.data.frame(hotword, stringsAsFactors=FALSE)
  names(hotword) <- c("Keyword", "Freq", "Trend")
  hotword$Freq <- as.numeric(hotword$Freq)
  hotword <- hotword[order(hotword$Freq, decreasing=TRUE),]
  return(hotword[1:top,])
}
hotword <- getBaiduHot("http://top.baidu.com/buzz?b=1", HTMLencoding='GBK')
knitr::kable(hotword)

# 词云展示
echartr(hotword, Keyword, Freq, type='wordCloud') %>% 
  setTitle('Baidu Hot Word Top30 (realtime)', as.character(Sys.time()))

# 按数据系列着色Color by Series
echartr(hotword, Keyword, Freq, Trend, type='wordCloud') %>% 
  setTitle('Baidu Hot Word Top30 (realtime)', as.character(Sys.time()))

# 带时间轴With Timeline

# 获取今日和七日两个榜单的网页并转为数据框,合并。

hotword$t <- 'Realtime'
hotword1 <- getBaiduHot("http://top.baidu.com/buzz?b=341&fr=topbuzz_b1", 
                        HTMLencoding = 'GBK')
hotword1$t <- 'Today'
hotword2 <- getBaiduHot("http://top.baidu.com/buzz?b=42&c=513&fr=topbuzz_b341",
                        HTMLencoding = 'GBK')
hotword2$t <- '7-days'
hotword <- do.call('rbind', list(hotword, hotword1, hotword2))
hotword$t <- factor(hotword$t, levels=c('Realtime', 'Today', '7-days'))
# 然后作图。

g <- echartr(hotword, Keyword, Freq, t=t, type='wordCloud') %>% 
  setTitle('Baidu Hot Word Top30')
g


# 5. System information
sessionInfo()

看一下我的环境,安装成功才是作图的前提。

我在WIndows10和Ubuntu 16.04上都安装成功,但都安装多次,最多要反复打开关闭十几次,才完成全部依赖关系安装。

报错了,直接关闭打开重装,很多错误还真不是你的原因。

R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.3 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/libopenblasp-r0.2.18.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=zh_CN.utf-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] recharts_0.2-1   ggpubr_0.1.6.999 magrittr_1.5     digest_0.6.15    ggthemes_3.4.0   bindrcpp_0.2    
 [7] devtools_1.13.4  ggplot2_2.2.1    reshape2_1.4.3   optparse_1.4.4  

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.15        highr_0.6           pillar_1.1.0        compiler_3.4.1      RColorBrewer_1.1-2 
 [6] plyr_1.8.4          bindr_0.1           tools_3.4.1         jsonlite_1.5        memoise_1.1.0      
[11] tibble_1.4.2        gtable_0.2.0        pkgconfig_2.0.1     rlang_0.1.6         curl_3.1           
[16] yaml_2.1.16         withr_2.1.1         stringr_1.2.0       dplyr_0.7.4         knitr_1.19         
[21] htmlwidgets_1.0     grid_3.4.1          getopt_1.20.1       glue_1.2.0          data.table_1.10.4-3
[26] R6_2.2.2            scales_0.5.0        htmltools_0.3.6     assertthat_0.2.0    colorspace_1.3-2   
[31] stringi_1.1.6       lazyeval_0.2.1      munsell_0.4.3

主要参考信息

  1. recharts中文帮助文档 Chinese manual: http://madlogos.github.io/recharts/index_cn.html
  2. R语言数据可视化---交互式图表recharts包 http://mp.weixin.qq.com/s/YqK5QvoGGtRxorWbV21D7g

猜你喜欢

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外1200+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。 image

学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组” image

点击阅读原文,跳转最新文章目录阅读https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA

  • 发表于 2018-02-07 14:16
  • 阅读 ( 4673 )
  • 分类:其他组学

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
不写代码的码农
刘永鑫

工程师

64 篇文章

作家榜 »

  1. 祝让飞 118 文章
  2. 柚子 91 文章
  3. 刘永鑫 64 文章
  4. admin 57 文章
  5. 生信分析流 55 文章
  6. SXR 44 文章
  7. 张海伦 31 文章
  8. 爽儿 25 文章