基因表达与甲基化关联分析，挖掘表观诱导的潜在肿瘤标志物（生信分析方案）
通过基因表达与甲基化的关联分析，筛选启动子区域甲基化修饰改变而引起 基因表达改变，从而对病人预后产生不良影响的基因。
通过基因表达与甲基化的关联分析，筛选启动子区域甲基化修饰改变而引起 基因表达改变，从而对病人预后产生不良影响的基因。
关键字：多组学研究，甲基化，预后标志物
一、研究背景
基因改变对癌症的发生具有影响，如突变、重组、拷贝数改变等，表观遗传 的改变如 DNA 甲基化对癌症的发展起到关键的作用。CpG 岛的高甲基化导致肿 瘤抑制基因的转录沉默，然而致癌基因的低甲基化将导致致癌基因的激活；目前 的研究中大部分都是从基因表达出发寻找一些肿瘤标志物，或者从 DNA 甲基化 出发寻找肿瘤标志物，很少从两者的联系的角度可以挖掘相关的预后分子，我们 从基因表达和 DNA 甲基化出发，基于多维组学的数据挖掘潜在的肿瘤标志物。
二、分析技术路线
下载 TCGA 甲基化数据、RNA-Seq 数据、Clinical 临床随访信息、GEO 数据集
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甲基化数据处理
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RNA-Seq 数据处理：下载 FPKM 数据，转换成 TPM，提取蛋白编码基因
表达矩阵
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分别对甲基化位点和基因进行差异分析
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甲 基 化 和 基 因 关 联 分 析 寻 找 epigenetically induced 和 epigenetically suppressed 基因及关联的甲基化位点
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单因素生存分析：分别对 step5 得到的甲基化位点和基因做单因素生存 分析，挖掘预后相关的 epigenetically induced 和 epigenetically suppressed 基因及 关联的甲基化位点
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epigenetically induced 和 epigenetically suppressed 基因的功能富集分析
等等。
三、部分分析结果展示
图表很多，就不一一展示了。
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- 发表于 2018-07-27 14:46
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