新手在TCGA中怎么找各类样本

经常遇到很多人问怎么在TCGA中找到正常样本,在这里详细给大家支个招

经常有人问怎么下载正常样本,疾病样本之类的,这里就给大家一个参考

使用TCGA简易下载工具可以下载所有的样本类型,具体看样本编号,在界面中只列了几个常见的,不常见的可以下载全部然后自己筛选

样本编号模式如下:

attachments-2017-04-yUwasFh258e75e0835b6描述参考:https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode

然后一般我们只看前14个字符,最后两个字符比如01、11代表了癌与癌旁(上图中的Sample),详细信息如下:


01	Primary Solid Tumor	TP
02	Recurrent Solid Tumor	TR
03	Primary Blood Derived Cancer - Peripheral Blood	TB
04	Recurrent Blood Derived Cancer - Bone Marrow	TRBM
05	Additional - New Primary	TAP
06	Metastatic	TM
07	Additional Metastatic	TAM
08	Human Tumor Original Cells	THOC
09	Primary Blood Derived Cancer - Bone Marrow	TBM
10	Blood Derived Normal	NB
11	Solid Tissue Normal	NT
12	Buccal Cell Normal	NBC
13	EBV Immortalized Normal	NEBV
14	Bone Marrow Normal	NBM
15	sample type 15	15SH
16	sample type 16	16SH
20	Control Analyte	CELLC
40	Recurrent Blood Derived Cancer - Peripheral Blood	TRB
50	Cell Lines	CELL
60	Primary Xenograft Tissue	XP
61	Cell Line Derived Xenograft Tissue	XCL
99	sample type 99	99SH


  • 发表于 2017-04-07 17:44
  • 阅读 ( 4478 )
  • 分类:软件工具

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