新手在TCGA中怎么找各类样本
经常遇到很多人问怎么在TCGA中找到正常样本，在这里详细给大家支个招
经常有人问怎么下载正常样本，疾病样本之类的，这里就给大家一个参考
使用TCGA简易下载工具可以下载所有的样本类型，具体看样本编号，在界面中只列了几个常见的，不常见的可以下载全部然后自己筛选
样本编号模式如下：
描述参考：https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode
然后一般我们只看前14个字符，最后两个字符比如01、11代表了癌与癌旁（上图中的Sample），详细信息如下：
01 Primary Solid Tumor TP 02 Recurrent Solid Tumor TR 03 Primary Blood Derived Cancer - Peripheral Blood TB 04 Recurrent Blood Derived Cancer - Bone Marrow TRBM 05 Additional - New Primary TAP 06 Metastatic TM 07 Additional Metastatic TAM 08 Human Tumor Original Cells THOC 09 Primary Blood Derived Cancer - Bone Marrow TBM 10 Blood Derived Normal NB 11 Solid Tissue Normal NT 12 Buccal Cell Normal NBC 13 EBV Immortalized Normal NEBV 14 Bone Marrow Normal NBM 15 sample type 15 15SH 16 sample type 16 16SH 20 Control Analyte CELLC 40 Recurrent Blood Derived Cancer - Peripheral Blood TRB 50 Cell Lines CELL 60 Primary Xenograft Tissue XP 61 Cell Line Derived Xenograft Tissue XCL 99 sample type 99 99SH
- 发表于 2017-04-07 17:44
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- 分类：软件工具
