TCGA简易下载工具使用总结
TCGA简易下载工具上线一周，有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据，也有部分同志反应了一些问题，也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本，经过六次的更新，也解决了不少在极端情况下的下载使用问题，现在总结一下问的比较多的软件问题，新版软件截图如下：
Q1、最新版增加了断线重连的功能，这解决了软件下载时老是卡住的问题，这里面涉及到一个参数“超时时间”，这里默认的是10s，如果你网速比较差那么需要设的高一点，比如我设1000s，这样就是在1000s内如果数据下不下来就启动重新下载。
Q2、判断能不能使用软件，请先访问这个链接：https://gdc-api.nci.nih.gov/files/5565529a-4299-4d4e-adc0-b4e92ddee252?pretty=true,如果访问成功则可以使用软件，不能访问则无法使用软件进行下载，你需要切换网络
Q3、文件合并失败问题，请看这个回答：https://www.shengxin.ren/question/17
Q4、ClinicalFull和Clinical的区别，前者是提取所有的临床病理资料，比较大有时候可能有几百项，后者是提取常见的几种比如死亡时间，复发时间，TNM分期等等，有些癌症类型的TNM分期可能提取不出来，需要使用前者的那个功能
Q5、ENSG_ID转换为什么转出来比原来的少，首先你可以看程序目录下ENSG_ID.txt，这是收录ENSG与geneSymbol的文件，因为有些ENSG并没有对应的geneSymbol所以结果中少是正常的，如果你有其他的转换想法，比如只想提取lncRNA，你可以自己手动的编辑ENSG_ID.txt这个文件，然后再运行程序。
Q6、明明显示有一百多样本，下载下来只有几十个或者没有？这是由于你勾选了癌与癌旁的复选框，可以去除复选框就能下载全部的样本。
- 发表于 2017-04-11 20:46
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- 分类：软件工具
