TCGA简易下载工具V16版升级详细教程

主要优化了三个方面: 一、miRNA数据合并时同时合并出两个矩阵,一个是counts的,一个是FPKM的 二、支持拷贝数变异的数据合并,可以用来直接跑GISTIC 三、优化了临床随访信息中疾病进展状态...

前言:

关于老版本:从TCGA最早的V6到现在的V16,我们一直在努力更新,让他变得更好,当然现在的老版本V8及以下的都不能正常使用了,这是由于GDC API做了限制,一次最多只能查询10000个样本的数据,而老版本查询时一次查询多于该限制阈值,所以老版本的都不能用了,会一直显示超时!!!

关于ID转换:老版本的ID转换无法做到及时更新,所以把这个功能单独拿出来做成了另外一个插件,简易ID转换工具,故两者可以配合使用,即可达到ID转换的目的.

关于正常样本和肿瘤样本分开:因为涉及到大的矩阵操作经常会内存不够,所以新版本中取消了自定义合并的功能,目前使用可以有两种方式达到目的,一种是分开下载合并成两个矩阵后再进行合并,一种是利用:简易矩阵操作工具,来自定义你的大矩阵的列的排序和行的排序方式。 

配了鸡汤也配了勺子,喝不喝下去你开心就好。

工具的下载原理是利用GDC API,感兴趣的可以去看一看。

这是一个极简的下载工具,从盒子打开之后(打不开的看这里),他长这个样子:

attachments-2019-01-rwGdVEja5c3c396140836.png

对,就是这样,看着啥都没有!!!

其实他是在检索,大约过一会儿(因你的网络而定)就会长这个样子:

attachments-2019-01-BEEx1kIX5c3c39aed8dc1.png左侧就是检索出来可以下载的TCGA的三十多种肿瘤,你可以双击任何的一个肿瘤便可以进行下一步操作,比如双击选择胃癌:

attachments-2019-01-IeQqHFhP5c3c3a2b54c63.png弹出一个小框,可以下拉,里面有多种选择,每一种选择都是检索一类数据,GDC做了限制,所以检索所有数据时如果样本量过大可能检索不出来,比如乳腺癌,所以这里分类型来检索比较实在。

1、所有甲基化数据:主要包含两种平台的甲基化数据:27k和450k的

2、所有转录组数据:主要包含RNA-Seq,miRNA-Seq,划重点:下载基因表达、lncRNA表达、假基因表达、miRNA表达在这里下载

3、Biospecimen:主要是病人的入院收治信息

4、临床随访信息:主要包含病人的随访信息,划重点:你要的预后,生存,用药信息在这里

5、单核苷酸多态数据:主要包含SNP的数据,由四种软件处理的SNP数据都在这里面

6、拷贝数变异数据:主要包含CNV的数据,其中有两种一种是去除种系差异的,一种是没去除的。

我们先选择甲基化的看一看:

attachments-2019-01-meQo7NbH5c3c3c025f082.png长这个样子,从中可以看到右上方下拉菜单有两种,450(397),27(73),这就说明胃癌 TCGA里测了两种平台的甲基化数据,样本量分别为397和73个,我们选择其中一个,然后右下角点击下载就好了,如果想进一步筛选一下癌症样本则右下角勾选癌症样本即可。

同理我们选择转录组数据看一看如下:

attachments-2019-01-JyeMxq4u5c3c3ccf70b66.png对!有五个,其中HTSeq 开头的表示的是RNA-Seq,三个分别表示三种定量方式,你酌情选择,不管选哪一种lncRNA、假基因、编码基因的表达谱都在这里面,BCGSC开头的表示miRNA-Seq,有两种,一种是isoform的这类是成熟体miRNA保存的地方,一种是不含isoform的,这类是前体miRNA保存的地方,你酌情选择,选择完右下角点击下载即可。

同理我们选择Biospecimen看看如下:

attachments-2019-01-fjWGX0ap5c3c3de29d0e8.png看一下,厉害了,有两千多个样本,这些都是啥呢,如图中红框文件大小比较小的,文件名是.xml结尾的此类是病人入院的信息,文件大小比较大的,文件名是.svs结尾的此类是病人的病理学图像数据,此类是最近新共享的,可以下载后用指定的软件打开看病理。

同理我们选择临床随访信息看一下:

attachments-2019-01-Clfi7rKu5c3c3ea83d10d.png

有三类,biotab,XML,OMF XML,第一个是病人的一些其他信息比如同时患了其他肿瘤的信息,是文本文件,而第二个才是随访信息,包含各种预后,治疗等信息的数据,第三个和第一个差不多,但是是xml格式的。

看一下单核苷酸多态的数据:

attachments-2019-01-JYitUAVm5c3c3f46078a3.png很明显是四个软件的结果,都是maf文件格式的,所有的突变都在一个文件里,要算TMP之类的可以在这里下载。

再看一下拷贝数变异数据:

attachments-2019-01-Ez0De2BT5c3c3f9ab5754.png有两种,一种是.nocnv结尾的,一种是非nocnv的,样本个数是一样的,主要差别在于nocnv是去除了种系差异的,一般使用nocnv数据做后续的分析。

以上是所有类型的数据的下载介绍!数据下载完成之后大多数都不能直接用,故软件提供了 合并文件 这个功能,如右下角 合并文件按钮,以下载临床随访信息为例,数据下载完成是长这个样子:

attachments-2019-01-6tcVyEEM5c3c404b87fee.png

划重点:

除了单核苷酸多态、Biospecmen,其他各个类型的数据下载下来都是类似的 一个样本一个文件的样子,所以此时我们就需要将这些样本合并成矩阵,故点击“合并文件”按钮,弹出文件选择框,选择我们下载好的文件的文件夹,里面包含了一个.log结尾的文件,我们选择该log文件即可将这些样本进行合并,该log文件记录了本次下载中所有的样本的下载信息,所以软件根据该文件对这些样本进行合并成最终的矩阵。

与前几个版本的差别如:

一、miRNA数据合并时同时合并出两个矩阵,一个是counts的,一个是FPKM的

二、支持拷贝数变异的数据合并,可以用来直接跑GISTIC,或者做其他的下游分析

三、优化了临床随访信息中疾病进展状态(复发,转移等)及时间的提取,身高、体重、BMI等

attachments-2019-01-MjbFoB9r5c3c41a00c8b2.png这些A开头的都是根据一定规则从随访信息数据中单独提取出来的,以便更轻松的往下分析。

总生存时间和状态提取原则:死亡患者:首次出现死亡时的时间,未死亡患者:最后一次随访的时间。

进展时间和状态提取原则:进展患者:首次出现进展时的时间,未进展的患者:最后一次随访的时间。


  • 发表于 2018-12-11 14:01
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  • 分类:软件工具

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