做重注释的简单思路记录一下

做生物信息一项必备的技能是寻找可用的数据,很多时候手头的数据不够,有很多的公共数据库数据可以使用,如何充分利用这些公共数据则显得尤为重要,GEO数据库中有大量的芯片数据,很多常见的芯...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-05-21 17:03
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RankComp包算法解析

数据准备: 1、表达矩阵,比如300个样本,20000个基因 2、表达矩阵分成癌症样本矩阵假设200个样本(C)和正常样本矩阵假设100个样本(E) 3、取正常样本矩阵E 4、取表达谱矩阵E中的任意基因g...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-05-01 19:27
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为什么生存分析时KM法和Cox回归的结论不一致

偶然看到这样的一个问题:R做生存分析关于survdiff函数的问题,让我想起了这个问题有时候K-M法和Cox回归的结论不一样,尤其是在做Cox时是显著的,在使用K-M时却分不开,不显著,很多人在这个时候...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-03-12 08:18
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关于TCGA RNA-Seq数据ID的转换方法

使用TCGA简易下载工具的同志们一直很好奇,RNA-Seq数据集中的ID是怎么转换的,今天就介绍一下原理 首先我们根据TCGA官网提供的RNA-Seq pipline(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformat...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-01-14 19:18
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【DNA甲基化分析系列】450K甲基化谱分析,6篇讲义从零入门

本文由【计算表观遗传学】公众号首发,针对表观遗传领域中研究最为广泛的DNA甲基化修饰及其广泛应用的群体研究中甲基化水平检查芯片技术进行系列讲解,帮助初学者了解芯片甲基化数据的获取、处理及深入分析的流程。感兴趣者可在公众号和社区中留言交流。

生存分析——在线工具

生存分析在线工具

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-28 20:11
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生存分析——SPSS

应用SPSS软件对已有数据进行生存分析

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-21 12:20
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生存分析——R语言

用R语言进行生存分析

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-18 18:05
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生存分析——基本概念

文章对生存分析的概念以及特点进行初步介绍

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-17 13:13
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芯片研究更重要的是生物学意义的探索

年龄和性别对脑部基因表达的影响?H3K27ac和H3K4me1两个组蛋白marker在ESC和NPC里面的变化区别?剂量效应的差异分析如何下结论呢?KO掉Klf5 基因对ESC分化的影响 干扰BMI1的表达对胚状体和胚...

表达芯片数据预处理四部曲-N,T,B,Q(normalization,transformation,bac

如果得到了一个可靠的表达矩阵,那么后续的一切分析都不是事,非常简单,分分钟做几百个差异分析,富集分析。但是,如果保证你的表达矩阵是可靠的呢?毕竟一般人也就是从GEO里面直接下载作者处...

TCGA套路文章大全

TCGA数据库的肿瘤相关测序数据非常丰富,各种玩法都可以发文章,基本上都是有人带头其余模仿即可

就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

WGCNA(Weighted Correlation Network analysis)是一个基于基因表达数据,构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析(DEG)的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异,而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系,将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析,寻找特定表型的分子特征。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-04 10:53
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TCGA miRNASeq 数据生存分析

基于简易小工具下载TCGA表达数据做生存分析。软件工具:R。参考教程:https://www.biostars.org/p/153013/。有建议或问题希望指出,互相促进互相学习:)

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  • 金晓妍
  • 发布于 2017-05-22 05:46
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菜鸟第一次提取TCGA编码蛋白基因和lncRNA表达谱

TCGA 编码蛋白基因和lncRNA表达谱提取简介

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-05-07 18:13
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