关于Gene ID的转换问题简述
事实上很多时候都需要做基因ID的转换，与其依托于别人的工具不如自己动手，由于研究发表的滞后性，往往很多工具提供的转换并不是最新的，理解转换原理才能让你来去自如
事实上很多时候都需要做基因ID的转换，与其依托于别人的工具不如自己动手，由于研究发表的滞后性，往往很多工具提供的转换并不是最新的，理解转换原理才能让你来去自如
今天主要记录几个ID转换的方式：
1、从NCBI下载基因ID信息：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Mammalia/Homo_sapiens.gene_info.gz
从中可以看到很详细的各种基因信息
2、从NCBI下载基因与其他ID转换的信息：
一、转refseq：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2refseq.gz
二、转ENSG：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2ensembl.gz#TCGA小工具ENSG转换由此而来
三、转uniprot：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
四、转unigene：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2unigene
五、基因与GO的对应关系：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz
3、使用ID_Mapping:http://www.uniprot.org/uploadlists/
4、提取lncRNA的看这里：https://www.shengxin.ren/question/23
以上是数据原始信息，可以根据以上信息提取整理，应付各种常见的基因ID转换基本没啥问题了
- 发表于 2017-06-14 19:48
- 阅读 ( 13546 )
- 分类：基因组学
