告别繁琐 “傻瓜式”操作 >>计算肿瘤微环境<<

肿瘤微环境是肿瘤组织或细胞所处的细胞环境,它由免疫细胞,间充质细胞,内皮细胞,具有炎症介质和细胞外基质(ECM)分子[1-2]。在肿瘤微环境中,免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被证实对于肿瘤的诊断和预后评估具有很大价值[3]。


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ECM[1-2][3]


R


R  

   RR


3CIBERSORT[4]MCPcounter[5]estimate[6]

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1.打开http://sangerbox.com/Tool


2.

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3.

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4.

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[1] Hanahan D, Weinberg RA. The hallmarks of cancer. Cell. 2000; 100:5770

[2] Hanahan D, Coussens LM. Accessories to the crime: functions of cells recruited to the tumor microenvironment. Cancer Cell. 2012; 21:30922.

[3] Jia D, Li S, Li D, Xue H, Yang D, Liu Y. Mining TCGA database for genes of prognostic value in glioblastoma microenvironment. Aging (Albany NY). 2018;10(4):592605.

[4] Newman A M , Liu C L , Green M R , et al. Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles[J]. Nature Methods, 2015, 12(5):453-457.

[5] Becht, E., Giraldo, N.A., Lacroix, L. et al. Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression. Genome Biol 17, 218 (2016).

[6] Yoshihara K, Shahmoradgoli M, Martínez E, et al. Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data. Nat Commun. 


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  • 发表于 2020-04-29 09:30
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  • 分类:软件工具

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不写代码的码农
柚子

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