limma快速差异分析工具!

limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具,目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法,它既可以对芯片数据进行差异分析,也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。



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研究背景


今天给大家介绍的是用  R程序包limma[1]差异分析 limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具,目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法,它既可以对芯片数据进行差异分析,也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

02

操作方法


1.打开网址:http://sangerbox.com/Tool点击“limma快速差异分析工具即可进入分析界面2.输入数据格式表达矩阵:行名为Gene Symbol,列名为样本名称,如下图所示


attachments-2020-05-qoym2bz15ecc926bb59d6.png

 
分组矩阵:共两列,第一列为样本名称,要与表达矩阵的样本名一一对应,第二列为样本的分组信息limma包通常适用于两组样本之间做差异分析),如normaltumour如下图所示:

attachments-2020-05-ULiXLxiH5ecc9278058ca.png

 
3.参数设置

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4.结果目录:在个人中心有结果目录,如果事先不指定运行结果目录,默认输入到limma_DEG目录下,结果如下图所示:

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结果文件中包含差异基因火山图和差异基因热图,如下图所示。 

attachments-2020-05-CGcsFyO85ecc929c3262c.png




参考文献


[1] Ritchie ME, Phipson B, Wu D, et al. limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies. Nucleic Acids Res. 2015;43(7).


具体指引详见:

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  • 发表于 2020-05-26 11:53
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  • 分类:软件工具

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柚子

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