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Error in goodSamplesGenes(datExpr, verbose = 3) : 没有"go...
source('http://bioconductor.org/biocLite.R') biocLite("impute") install.packages("WGCNA") library("WGCNA")#加载程序包 source('http://bioconductor.org/biocLite.R') biocLite("flashClust") install.packages("flashClust") library("flashClust")#加载程序包
回答于 2018-07-22 21:43
使用R的clusterProfiler包无法正确匹配
谢邀 ，查看基因类型网址：http://bioinformatics.louisville.edu/abid/inpFormNotSureOfArrType.php ID 类型转换软件网址：http://bioinformatics.louisville.edu/abid/
回答于 2018-04-12 08:42
tcga下载的fpkm要用什么r包进行处理？
count就是有多少个测序读段（read）落在某个区域内（转录本或者基因），FPKM是对count的一个标准化，通常针对的是双端测序，这样做的目的是消除测序深度和转录本长度的影响。R包（Rsubread，edgeR）里面有的个featureCounts函数先计算count，然后再用rpkm函数算FPKM
回答于 2018-02-21 14:52
GSEA分析结果中UP/DN的影响？恳请大侠解答，qq745081152，hjz005...
刚刚看了你的描述，我不知道理解的是否正确，我先说一下我的理解啊 1、UP/DOWN的差异表达基因是你的输入吗？如果是的话，那么你的结果均为上调的那些基因富集到的功能类；其实，你可以发现，你的那些基因大部分都是富集在图的左侧，也就是‘high’。 2、你的那些UP的基因富集到的功能描述是‘down……’意味着你的那些上调的基...
回答于 2017-07-31 13:31
各位老师好，我这遇到deseq包问题，中间不报错而卡住。
从你的代码和运行上面看，并不是对应的啊~~~ 你试试betaPrior=FALSE，具体为什么原因： （整理来自SEQanswers） I have a dataset where the condition of interest is a factor with 3 levels. DESeq2 issues me a warning to use betaPrior=False otherwise the log2 FoldChange will be affected by the base level....
回答于 2017-07-22 14:06
不做实验也发5分文章---------存在错误
这个是非常可能的，Oncotarget里面有一大把的文章，Scientific Report里面也有，有时间你也可以看看那个Bioinformatics里面的文章 而且它俩的影响因子是绝对高于5分的 重点不是你做实验还是分析数据，而是怎么做，有没有什么新的发现 故我觉得没有问题，他这里说的只是发5分的文章，可能性就是存在的，而且毋庸置疑
回答于 2017-07-22 13:59
TCGA中胶质瘤的正常脑组织对照信息有吗，如果有的话在哪里？
因为脑胶质瘤的特殊性，所以相对于其他癌症样本而言，它是没有control的。 类似于LGG和GBM这种的癌症类型的样本，我们常用的研究方式一般是癌症亚型（WHO分级）、癌症复发以及化疗药物等等，并不建议你做癌症和非癌症样本的差异表达基因分析。
回答于 2017-07-21 13:00