tcga下载的fpkm要用什么r包进行处理?

请问下count和fpkm区别在哪,用的r包有什么不同,谢谢!

请先 登录 后评论

2 个回答

王诗翔 - 研究生在读

第一个问题你其实百度就可以解决,完全没必要在这里问。前者是对比直接形成的读段计数,后者是为了解决基因(转录本)长度不同而对表达值估计造成影响而设计的一个转换,具体百度吧。常用R包,EdgR,DEseq2等,它们对表达分布的概率分布估计使用的分布函数不一样,其他我记不清有什么差别了。很多人有过类似的疑问,百度找篇文章看看,你这问题都可以解决了。


你也可以等其他人补充。

请先 登录 后评论
liuzhe

count就是有多少个测序读段(read)落在某个区域内(转录本或者基因),FPKM是对count的一个标准化,通常针对的是双端测序,这样做的目的是消除测序深度和转录本长度的影响。R包(Rsubread,edgeR)里面有的个featureCounts函数先计算count,然后再用rpkm函数算FPKM

请先 登录 后评论