第一个问题你其实百度就可以解决，完全没必要在这里问。前者是对比直接形成的读段计数，后者是为了解决基因(转录本)长度不同而对表达值估计造成影响而设计的一个转换，具体百度吧。常用R包，EdgR,DEseq2等，它们对表达分布的概率分布估计使用的分布函数不一样，其他我记不清有什么差别了。很多人有过类似的疑问，百度找篇文章看看，你这问题都可以解决了。
你也可以等其他人补充。
第一个问题你其实百度就可以解决，完全没必要在这里问。前者是对比直接形成的读段计数，后者是为了解决基因(转录本)长度不同而对表达值估计造成影响而设计的一个转换，具体百度吧。常用R包，EdgR,DEseq2等，它们对表达分布的概率分布估计使用的分布函数不一样，其他我记不清有什么差别了。很多人有过类似的疑问，百度找篇文章看看，你这问题都可以解决了。
你也可以等其他人补充。
如果觉得我的回答对您有用，请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作！
count就是有多少个测序读段（read）落在某个区域内（转录本或者基因），FPKM是对count的一个标准化，通常针对的是双端测序，这样做的目的是消除测序深度和转录本长度的影响。R包（Rsubread，edgeR）里面有的个featureCounts函数先计算count，然后再用rpkm函数算FPKM
