liuzhe
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pheatmap

R包用于绘制热图

回答于 2021-05-04 20:02

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请问http://sangerbox.com/TcgaDown下载的数据是log化的,还是没...

一般我们进行差异基因的筛选,会选择HTSeq-Count数据集,用于后续分析。 注:此文件中的表达值为log2(count+1),加1的原因是因为很多基因的表达值是0,无法取log。

回答于 2021-05-04 20:01

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一键式WGCNA运行后只能导出样本聚类(sample cluster)的图,无...

谢邀 您可以把具体的代码粘贴上来吗。谢谢

回答于 2019-02-26 22:26

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火山图

colnames赋值 定义index

回答于 2019-02-26 09:01

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祝老师您好,请问您知道TCGA的泛癌症数据集如何下载吗

pan-cancer 就是所有的癌症数据下载

回答于 2019-02-26 09:01

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GEO2R分析得出的数据,只有GB ACC,请问如何得到gene symbol

GB的accession number转换成gene symbol 下载平台注释文件,找到对应关系

回答于 2019-02-26 09:00

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多个相同平台芯片原始数据RMA标准化后转换探针生成的表达矩阵无...

请把你的boxplot绘图代码黏贴一下 另外:我看到你的A///B的意思是基因名字或者叫作A,或者叫作B,这个不影响的,你可以只取基因A,然后表达值用后面的数值即可

回答于 2019-02-26 08:58

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module和表型间的系数的结果进行可视化,数值全是NA?

请把具体的前10行粘贴上来~ NA=not a number 在计算的时候时刻检查每一步的数据类型

回答于 2019-02-26 08:56

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单细胞的hvgs可以做WGCNA吗?

我觉得最好不要这么做,你这个单细胞细胞数目至少是几千。。。。得到的加权网络和预期会存在较大差异(在解释结果上面)

回答于 2019-02-26 08:55

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TGCA下载得甲基化文档有397个,合并log文档只显示43个是怎么回事...

中间的过程文件~你要等它全部下载完毕才可以~~

回答于 2019-02-26 08:54