请问TCGA的数据都是双端测序的吗？为何一些文章用了TCGA的表达数...

可能是TCGA数据库版本的问题吧，现在新版网站里应该都是HiSeq平台双端测序的数据，都是FPKM。从legacy数据库里可以找到以前的Illumina GA平台的数据，这个平台应该是单端的（如图），用RPKM的估计是以前的文章，使用的应该是这个单端测序的数据。现在的话就用最新的双端的数据吧，新版网站里提供了counts和FPKM

回答于 2018-11-26 15:53