请问TCGA的数据都是双端测序的吗？为何一些文章用了TCGA的表达数据计算出了RPKM，不是应该为FPKM吗？

5 请问TCGA的数据都是双端测序的吗？为何一些文章用了TCGA的表达数据计算出了RPKM，不是应该为FPKM吗？

文献为：TANRIC: An interactive open platform to explore the function of lncRNAs in cancer

发表在：Cancer Res. 2015 September 15

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strings 2018-11-26 11:08

谢邀。

两者差别不大。搜索一下，可以轻松找到两者的计算公式，并且可以查到两者的相似性较高。

Alien 2018-11-26 15:53

可能是TCGA数据库版本的问题吧，现在新版网站里应该都是HiSeq平台双端测序的数据，都是FPKM。从legacy数据库里可以找到以前的Illumina GA平台的数据，这个平台应该是单端的（如图），用RPKM的估计是以前的文章，使用的应该是这个单端测序的数据。现在的话就用最新的双端的数据吧，新版网站里提供了counts和FPKM

5 请问TCGA的数据都是双端测序的吗？为何一些文章用了TCGA的表达数据计算出了RPKM，不是应该为FPKM吗？

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