5 请问TCGA的数据都是双端测序的吗?为何一些文章用了TCGA的表达数据计算出了RPKM,不是应该为FPKM吗?

文献为:TANRIC: An interactive open platform to explore the function of lncRNAs in cancer

发表在:Cancer Res. 2015 September 15

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2 个回答

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谢邀。

两者差别不大。搜索一下,可以轻松找到两者的计算公式,并且可以查到两者的相似性较高。

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Alien

可能是TCGA数据库版本的问题吧,现在新版网站里应该都是HiSeq平台双端测序的数据,都是FPKM。从legacy数据库里可以找到以前的Illumina GA平台的数据,这个平台应该是单端的(如图),用RPKM的估计是以前的文章,使用的应该是这个单端测序的数据。现在的话就用最新的双端的数据吧,新版网站里提供了counts和FPKMattachments-2018-11-r39Vl2Km5bfba3b7b5583.png

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