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DNA甲基化疑问
CpG island shores是2009年由Rafael A Irizarry提出，将CpG岛上游2kb定义为CpG island shores[1]。 CpG island shelves是在2011年由Marina Bibikova等人提出的，将CpG island shores上下游2kb定义为CpG island shelves(即CpG岛上下游2kb-4kb)[2]。450K芯片里的探针的CpG岛位置信息也是采用的这个标准，示意图如下[2] 在...
回答于 2017-08-31 15:24
从TCGA下载的MicRNA数据第一列代表gene sympol吗？
建议下次配上图片，这样能提供更多的信息，得到更准确的解答。 以我从TCGA下载的人类直肠癌miRNA表达数据(TCGA-AF-2687-01A-02T-1735-13.mirna.quantification.txt)为例， 这里第一列是miRNA_ID，以hsa-mir-101-1、hsa-mir-101-2 hsa代表是人类(Homo sapiens),mir代表是miRNA，101表示其发现顺序， -1、-2表示这两个miR...
回答于 2017-04-24 10:42
请问TCGA数据中2种甲基化数据（MethyArray27K和MethyArray450K）...
27K和450K都是由Illumina公司推出的检测DNA甲基化的芯片平台。 27K(Infinium Human Methylation 27 Beadchip)包含超过27578个CpG位点的探针对，因此被称之为Infinium 27K（K是千的意思）[1]。 450K(Infinium HumanMethylation450 BeadChip)能够检测482421个CpG位点和3091个非CpG胞嘧啶，因此被称之为Infinium 450K[2]。...
回答于 2017-04-24 10:13