王诗翔
王诗翔 - 研究生在读

性别: 上海 - 上海市 注册于 2017-12-03

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按照推文中下载了TCGA中突变的信息后续如何处理

mutect,muse,vanscan,somaticsniper是四种不同的预处理流程。MAF的格式一般都是tsv(制表符分隔文件)的吧,列数的多少不重要,重要的是你想要的信息,当然不同的maf文件对后续数据分析的选择性可能不同,我没做过不太清楚。 至于突变和野生型这种东西嘛,如果我没记错,MAF一行是一个突变的记录信息,突变就有一行信息,...

回答于 2018-02-05 14:37

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关于logrank

log rank是一种检验方法,就像常用的t检验一样。一般而言<0.05称为统计上显著,意义这种东西具体问题具体分析才行。。

回答于 2018-02-05 14:28

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tcga分析求助

厉害了,我还以为有什么问题可以解答的,结果是个标题党

回答于 2018-02-05 14:27

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蛋白质组学文章中差异倍数选择相差很大,有没有一个标准?

为你的结果寻找合理的解释,而不是固定标准去探究结果。

回答于 2018-02-05 14:22

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boxplot中加上表达量的points

很easy的,利用ggpubr包就好了,看着参考文档照着带入自己数据做就好了。

回答于 2018-02-05 14:04

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请问DE Center中的edgeR用的什么方法normalize数据哈?

这种问题最好查官方文档呀,再不行就谷歌嘛。 一百多页的官方文档,仔细瞧瞧 Question: edgeR normalization method Comparison of TMM (edgeR), RLE (DESeq2), and MRN Normalization Methods

回答于 2018-02-05 14:02

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求救:getGEO总是报错,下载不了数据了?

用法貌似没有问题,重run。

回答于 2018-01-25 15:03

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这个问题你解决了吗

好奇葩,怎么能这样问问题。

回答于 2018-01-25 14:53

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kegg收费吗?

可以啊,免费的吧。

回答于 2018-01-16 22:41

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通路包括什么通路?GO. KEGG吗?作图的话cytoscape怎么做KEGG通...

clusterProfile包可以做

回答于 2018-01-16 22:36