3 蛋白质组学文章中差异倍数选择相差很大,有没有一个标准?

经常看蛋白质组学相关的文献发现里面选择的差异倍数经常有1.2倍,1.3倍,1.5倍,2倍的,这有没有一个统一的标准,有相关文献吗?

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4 个回答

生信人 - 生信人平台技术支持

在差异蛋白组学研究中差异倍数没有哪一篇文章有明确要求一定要超过多少倍,本身目前蛋白质组学定量大部分基于相对表达水平去定量,由于不同的软件及定量算法不同,直接导致差异倍数整体变化区间不同,所以具体问题还得具体分析。

举个例子:

看一篇Nature上的文章A cytosolic network suppressing mitochondria-mediated proteostatic stress and cell death,其中有一段如下:

attachments-2017-03-3ZEHDO0S58dde78b87c8下调选择2倍,上调选择1.266;很明显不按规矩来啊,不过人家后期验证做出来了,之所以这么选很明显是因为在这个范围内有想要的蛋白

所以蛋白组学中差异倍数的选择主要还是要看你研究的目标蛋白在哪个区间,后期能不能验证出来,这很关键。


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魏创奇 - 科研人员

赞同!这个领域主要还是根据自己的生物学问题来决定具体的差异倍数。

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王诗翔 - 研究生在读

为你的结果寻找合理的解释,而不是固定标准去探究结果。

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百泰派克生物

您好,关于差异蛋白的定量蛋白组分析主要包括DDA技术和DIA技术。DDA技术是指数据依赖型质谱技术,主要包括SILAC、iTRAQ/TMT和Label Free技术,SILAC技术是一种体内标记技术,适合于可以传代培养的细胞样品,在细胞培养过程中,重标同位素的两种必需氨基酸通过细胞传代培养的方式逐渐掺入到整个蛋白质组中,从而将混合在一起处理不同组别的样品通过质谱进行区分。iTRAQ/TMT技术是一种体外标记技术,适用于不能进行传代培养的细胞样品、需要进行预处理的细胞样品以及组织样品。准备样品的过程中可以按照常规的方法进行蛋白的提取,在进行质谱分析之前,带有不同标签的iTRAQ/TMT试剂分别与不同的样品进行反应使得不同组别的样品带有不同分子质量标签,从而将混在一起处理的不同组别的样品通过质谱区分开来。Label Free也是现在常规的定量技术,不同组别样品不使用任何标签进行标记,每个样品单独进行质谱分析,通过比较质谱分析次数或质谱峰强度,分析不同来源样品蛋白的数量变化。SILAC和iTRAQ/TMT技术的蛋白通量要高于Label Free,相对应的价格也要比Label Free高一点;Label Free技术与SILAC和iTRAQ/TMT技术相比,其通量要低一些,性价比要高一些。通常来说,如果样品数量少于10个,可以使用传统的DDA定量方法,因为样品数量较少,可以在一次实验中同时处理,得到的结果准确,性价比较高,而对于大批量样品或者多批次实验的重现性会有一些影响。SWATH/DIA技术是一项区别于DDA采集的全新的、全息式的质谱技术,它将扫描区间内所有的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂,使用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量,从而获得完整的肽段信息,大大提高了定量的可重现性。当样品数量较多时,使用SWATH/DIA可以得到高重现性和准确度的结果。对差异蛋白的筛选标准是P值必须小于0.05,差异倍数的范围相对宽松一些,在1.3倍-2倍及2倍以上均可,但是要求不低于1.3倍。不同的研究目的、不同的研究领域对差异蛋白的具体要求也是不同的,可以查看您关注领域中文献的差异蛋白倍数。一般来说差异的倍数越大越好,在显著差异水平上根据您所关注的差异蛋白再进行讨论分析。如果您后续需要进行定量蛋白组学实验或者其他问题,可以联系我们,电话:19182150730。

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  • 祝让飞 提出于 2017-03-29 10:42

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