我翻看TCGA的RNAseq V2 pipeline，官方数据只有rsem值，你们提供的简易下载工具中却有htseq-count read count。我想问，你们是如何将rsem值转换为htseq-count read count？如果我想结合下载到的TCGA level3和自己测序得到的RNAseq数据进行差异分析，我理解是重新将自己的RNAseq数据用TCGA流程再跑一次(Mapsplice+RSEM)，毕竟同样流程得到的结果才具有可比性。我现在的困难是，找不到TCGA软件的具体参数设置，有什么好的建议吗？谢谢啦！
