tcga RNA-Seq数据为RPKM,不是FPKM,可以用RPKM算生存期,差异表达吗

网上看到有人说FPKM/RPKM都不对,应该用TPM,到底用哪个?

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2 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

FPKM 和RPKM是双端测序和单端测序的区别,计算方式是一样的,TCGA上的是FPKM,没有RPKM;而TPM是通过FPKM转换之后的,类似于做了标准化。

至于差异分析和生存分析没有金标准,都可以用,如果是TCGA的数据的话建议使用TPM

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yao

这是我通过R语言从TCGA下载的数据,他的单位怎么是RPKM?attachments-2018-10-TXXzVbTc5bcb53a3dbaac.png

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  • mz 提出于 2018-04-27 19:54

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