网上看到有人说FPKM/RPKM都不对,应该用TPM,到底用哪个?
FPKM 和RPKM是双端测序和单端测序的区别,计算方式是一样的,TCGA上的是FPKM,没有RPKM;而TPM是通过FPKM转换之后的,类似于做了标准化。
至于差异分析和生存分析没有金标准,都可以用,如果是TCGA的数据的话建议使用TPM
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这是我通过R语言从TCGA下载的数据,他的单位怎么是RPKM?