GEO芯片数据中，从同一平台上下载几个不同芯片，这其中包含的多个cel文件可不可以直接放在同一文件夹内用R进行分析？

是不是只要来自同一平台的cel文件，无论其来自哪个芯片，都可以直接放在一起进行分析？比如GSE6222和GSE45436分别包含10个和134个HCC样本，其格式都是cel，平台都是GPL570，那么是不是可以把来自两个芯片的这144个cel文件直接放在同一个文件夹进行后面的R运算？

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2 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师 2018-06-04 22:22

可以的，同一个平台的可以合并，当然如果严谨一点的话可以分批处理然后去一下批次效应

dongdong - 医生 2019-09-02 09:05

老师，那请问不同GPL平台的芯片能合并吗？如果可以合并，那有什么办法合并呢？谢谢老师！