您好 ,我用贵平台的简易TCGA下载工具下载TCGA-ESCA(Esophageal Carcinoma-Esophagus)数据进行转录组分析,比对后样本数与文章报道的数目不一致

您好 ,我用贵平台的简易TCGA下载工具下载TCGA-ESCA(Esophageal Carcinoma-Esophagus)数据进行转录组分析,样本数与文章报道的数目不一致,我用贵平台的下载的ESCA数据Clinical显示有185例其中食管鳞癌(Esophagus Squamous Cell Carcinoma)96例,但是与下载的RNA-Seq-HT-Seq-counts(173)数据进行96例食管鳞癌进行比对时只有81例食管鳞癌,少了15例食管鳞癌。之前文章报道也是96例食管鳞癌,与Clinical数据是一致的,但是比对分析后总是少了15例食管鳞癌,请问不知道为什么出现这种情况?

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

TCGA 数据更新了,有些数据不公开下载了,有出入是正常的

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  • 提出于 2018-06-11 14:59

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