你的jar 有问题，需要指定一下主类
你好 想求助一下 做全外显子基因组测序，使用gatk时 报错：找不到或无法加载主类 –jar
我已经把路径都改到更新后的jdk下 但还是一直报错说找不到-jar
命令：bsub -n 16 -q cpu -e err.check -o out.check "jdk1.8.0_31/bin/java –jar gatk_3.4/GenomeAnalysisTK_3.4.jar -R hg19.fa -T RealignerTargetCreator -I AIS-1_merge_dup_head.bam.bai -o AIS-1_merge_dup_head.bam.bai.intervals -known 1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf -known Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19.sites.vcf"
