GSEA中FDR都是1的问题

请问在GSEA分析中，出现了两个不同表型组中上调通路很多P值是有意义的，但FDR都是1，也就是假阳性100%。感觉这是由某种类似系统误差的原因导致的，而不是真实的情况。个人推测有一个原因是：所分析的矩阵数据中包含过多GSEA无法识别的非gene symbol（比如生信人工具盒下载mRNA数据ID转化后仍有很大一部分探针名称），这部分探针或非gene symbol很多，手动删除不现实。请高手指教。