各位老师，请教几个问题：
1.我用sangerbox下载TCGA的mRNA数据，里面很多数值是什么？准确的说怎么理解这个数值？分析两个基因的相关性，是直接用这个数值还是需要将这些数值做对数转换吗？
2.我看有的数据库自己做的expression levels是log(FPKM+0.001),这里是什么意思？如果做两个基因的mRNA水平在下载的这个数据库里面的相关性具体怎么分析？
谢谢各位老师了。
首先，你下载的是哪种数据分为count、FPKM和FPKM-UQ三种，count数据是没有经过任何处理，只是测序数据比对到转录本上的技术，FPKM和FPKM-UQ是经过处理，二者的计算公式不同，公式在谷歌上就能搜到，通常用FPKM就可以；里面的数据就是这个样本在这个基因上的表达量，就是表达情况；做相关性分析可以直接用这个数据，也可以进行转化；取log是标准化的一种方式，目的将数据降维到同一数量级；相关性分析的话你可以谷歌一下，看看有没有相关的代码。
