想做WGCNA分析，目前20份材料，3个时期，没有重复，总共60份样品的表达量数据，还有这20份材料的表型数据，每个样品都有八万多个基因。两个小问题，一是基因数目多，计算量较大，怎么来考虑过滤这些基因？保留多少基因能满足进行WGCNA分析？二是我想对我的样品进行wgcna分析，是将这60份样品一起分析还是每个时期这20个样品单独进行分析？
1、怎么来考虑过滤这些基因:这个要视具体情况而定，核心参考标准是 大部分基因表达没有什么变化（比如管家基因），想办法把这部分基因去掉。
2、保留多少个基因 这个没有金标准3、60份样本可以放在一起分析
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