WGCNA数据输入问题思考

请问如果做mRNA-miRNA-lncRNA的WGCNA共表达网络，

将三个数据rbind后放在一个matrix里，但是突然想到一个问题，

该使用什么数据类型呢？

原始count还是RPKM，或者是其他的标准化？

因为从count来看miRNA的count比mRNA要大很多，需要使用RPKM标准化后的数据吗，不然三个数据放在一起会不会有分析误差？

希望朋友们可以给出一些见解哈。

PS：刚才看了一下TCGA官网只给出count，FPKM和FPKM-UQ的数据。。这样的话用哪个呢？

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师 2017-07-28 09:30

推荐使用FPKM

常见情况是：

lncRNA的丰度低于mRNA

miRNA的丰度高于mRNA

但是WGCNA主要使用的是相关性，所以理论上可行。