GEO的series.matrix数据需要均一化么?combat小工具输出的数据读入R作为矩阵,报错呢?

目前自学做基因芯片分析,但是发现GEO的series.matrix数据在未均一化之前无法重复文章数据,也没有找到均一化的R代码,使用sangerbox的小工具之后,发现没办法进行sva包的comba,以至于难以进行下去了。所以请问有合适的R包做均一化么?还有就是sangerbox小工具处理后的数据为什么报错,如何避免呢?attachments-2018-08-vqeKcVAj5b7c499a1bf1a.PNG

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2 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

做combat之前不要做分位数标准化,因为这样会将原有的批次差异一个掩盖掉 以至于combat无法分析

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一条鱼

你的dataMat不是矩阵文件,在你原来代码dataMat...之后加一行“dataMat<-as.matrix(dataMat)”就可以了

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