检查一下 你的数据，贴一下 软件右侧的日志输出内容

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开始运行

文本处理完毕

C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\Rscript.exe

E:\生信软件集合\sangerBox\source\softs\5bece5eb9fdd8\WGCNA_Pipline.R

开始运行R

"C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\Rscript.exe" "E:\生信软件集合\sangerBox\source\softs\5bece5eb9fdd8\WGCNA_Pipline.R" "G:\13.mydata\GSE84437\WGCNA" "success_Merge_Matrix.quantiles.txt" "success_GPL6947-13512.txt" "1.2" "30" "unsigned" "5000" "0.25" "0.9" "2" "0.02" "-1" "1"

导出成功

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文本处理完毕

C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\Rscript.exe

D:\数据挖掘软件\Sangerbox\source\softs\5bece5eb9fdd8\WGCNA_Pipline.R

开始运行R

"C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\Rscript.exe" "D:\数据挖掘软件\Sangerbox\source\softs\5bece5eb9fdd8\WGCNA_Pipline.R" "C:\Users\wangguohui\Desktop\WGCNA\WGCNA\PRE" "success_50GSE13507.txt" " " "0" "30" "unsigned" "5000" "0.25" "0.9" "2" "0.02" "-1" "1"

导出成功.

打开report一直提示分析没有完成。

我也是显示导出成功，但是结果文件不齐全，有些没做出来的。report显示分析没完成。

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开始运行
文本处理完毕
C:\Program Files\R\R-3.5.0\bin\Rscript.exe
C:\Sanger_V1.0.8_full64\source\softs\5c7344303916c\WGCNA_Pipline.R
开始运行R
"C:\Program Files\R\R-3.5.0\bin\Rscript.exe" "C:\Sanger_V1.0.8_full64\source\softs\5c7344303916c\WGCNA_Pipline.R" "C:\shengxin\WGCNA\matrix series\GSE71576_series_matrix.txt\run5" "success_exprogene.txt" "success_sampleinf.txt" "1.2" "30" "unsigned" "5000" "0.25" "0.9" "2" "0.02" "-1" "1"
导出成功

请问楼主解决了么？

想问一下，你们跑了多久啊

我也有同样的问题，跑了几秒钟提示“导出成功”，但是打开Report.html时，一直提示“分析没有完成”

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文本处理完毕

C:\Program Files\R\R-3.5.0\bin\Rscript.exe

E:\tcga download tool\source\softs\5c7344303916c\WGCNA_Pipline.R

开始运行R

"C:\Program Files\R\R-3.5.0\bin\Rscript.exe" "E:\tcga download tool\source\softs\5c7344303916c\WGCNA_Pipline.R" "E:\WGCNA" "success_top50var.symbol.txt" " " "0" "30" "unsigned" "1000" "0.25" "0.9" "2" "0.02" "-1" "1"

导出成功

我也是这样，有答案了吗？