RNA-Seq差异基因分析

进行差异基因分析的数据类型和使用的函数怎么选择

从cBioportal上下载数据,是RSEM的RNASeq数据,如果对这样的数据进行差异分析,有一下几个问题咨询:

  1.对RSEM数据可以直接进行差异基因分析吗,还是需要进行log2(rsem+1)的转变,因为下载的数据基因表达之间差异非常大,甚至几百倍;

   2.cBioportal的数据是来源于TCGA,而TCGA的数据是有经过RPKM处理的,所以cbioportal数据是不是今年两次处理即RPKM和RSEM还是仅仅一次,即RSEM;

   3.如果RSEM数据可以直接进行差异基因分析,选择哪一种函数,是DESeq还是edgR,还是会limma或者都不行或者都行,因为前面两个函数是需要整数的输入;

 以上三个问题,非常期待您的回复,谢谢

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