进行差异基因分析的数据类型和使用的函数怎么选择
从cBioportal上下载数据，是RSEM的RNASeq数据，如果对这样的数据进行差异分析，有一下几个问题咨询：
1.对RSEM数据可以直接进行差异基因分析吗，还是需要进行log2(rsem+1)的转变，因为下载的数据基因表达之间差异非常大，甚至几百倍；
2.cBioportal的数据是来源于TCGA，而TCGA的数据是有经过RPKM处理的，所以cbioportal数据是不是今年两次处理即RPKM和RSEM还是仅仅一次，即RSEM；
3.如果RSEM数据可以直接进行差异基因分析，选择哪一种函数，是DESeq还是edgR，还是会limma或者都不行或者都行，因为前面两个函数是需要整数的输入；
以上三个问题，非常期待您的回复，谢谢
