老师，您好，tcga lihc id转换开始分析用的是旧版的，得到24000左右的基因然后分析投稿被修回；试用新版的取蛋白编码基因只得到19000多。旧版的可以使用吗？差了几千个基因差别是在哪里呢？ - 生信人

老师，您好，tcga lihc id转换开始分析用的是旧版的，得到24000左右的基因然后分析投稿被修回；试用新版的取蛋白编码基因只得到19000多。旧版的可以使用吗？差了几千个基因差别是在哪里呢？

0 条评论

默认排序时间排序

1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师 2018-09-13 16:25

旧版使用的是biomart进行ID转换，得到编码基因共包含24000个（其中有一部分也是非编码的），而新版的使用的是gencode v22版本的gtf，根据里面的type=protein_coding进行提取的编码基因，其中不同的版本会相差一些基因的。