目前要用TCGA转录组表达谱数据做差异表达，本来要选择DESeq或edge R，它们要求数据是raw count，用生信人开发的小软件也可以很方便的下载，但是在过滤低丰度基因的时候遇到一个问题：到底多少count以下是属于低丰度呢？我个人认为这个count数是和测序深度相关的，也就是说不能抛开测序深度所有的表达谱都定义一个cutoff，现在我不知道tcga里所有的样本数据是否都来自于同一测序丰度？所以希望有高手帮我解答一下这个问题。另外，如果想用fpkm值做差异分析的话应该怎么做？有重复。