5 GSEA

GSEA  这种分析方法和KEGG  GO 富集分析有什么关系,是包含的关系?  如果说KEGG和GO 是对基因进行分类  一个是从本体论角度,一个是从通路角度,那么GSEA 是从什么角度?

GSEA  使用的MsigDB  在进行注释的时候选择的H   或者C5  C3  是具体根据什么?  是根据自己的目的么



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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

GSEA是富集的方法,KEGG\GO是功能数据库,两者并没有包不包含的关系,日常用法是:使用GSEA方法对KEGG\GO进行功能富集分析。

MsigDB:是专门针对GSEA这种方法而建立的数据库,H   或者C5  C3 是不同的功能的背景数据库,可以与KEGG\GO类似,你想做什么分析就用什么。

所以 你先整明白富集分析再回头看這些问题可能会好理解一些

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