GSEA是富集的方法,KEGG\GO是功能数据库,两者并没有包不包含的关系,日常用法是:使用GSEA方法对KEGG\GO进行功能富集分析。
MsigDB:是专门针对GSEA这种方法而建立的数据库,H 或者C5 C3 是不同的功能的背景数据库,可以与KEGG\GO类似,你想做什么分析就用什么。
所以 你先整明白富集分析再回头看這些问题可能会好理解一些
GSEA 这种分析方法和KEGG GO 富集分析有什么关系,是包含的关系? 如果说KEGG和GO 是对基因进行分类 一个是从本体论角度,一个是从通路角度,那么GSEA 是从什么角度?
GSEA 使用的MsigDB 在进行注释的时候选择的H 或者C5 C3 是具体根据什么? 是根据自己的目的么