20 y <- DGEList(counts=data,group=group) Error in .isAllZero(counts) : counts must be positive finite values > data[1:10,1:10]

按照视频同步处理TCGA下载数据,在group=c(rep("normal",113),rep("tumor",1109))    

> design <- model.matrix(~group)

> y <- DGEList(counts=data,group=group)

报错:Error in .isAllZero(counts) : counts must be positive finite values

后来发现是在上一步:data=data[rowMeans(data)>1,],所有的数据感觉被改成了NA,怎么处理attachments-2018-11-aTForh0V5bf0409c12dae.JPGattachments-2018-11-oMbJiFYh5bf040a779e73.JPG


求大佬解答

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

你这个问题应该是基因没有匹配上从而存在NA问题,也就是说你的数据预处理时没有处理正确,你检查一下数据预处理部分怎么产生的NA

PS:我们社区没有这样的视频,谢谢

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