自己通过matrix文件筛选的差异基因分析结果和软件自动生成的代表性差异基因结果不一致

用DECENTER进行差异基因分析，设置LOG2FC阈值为0.5，FDR阈值为0.05，输出的文件中，进行差异基因筛选按照大于0.5或小于0.05、P值小于0.05筛选，出来差异基因60个，跟matrix文件匹配后，基因的数值有的是七八十，有的则高达两万多。而同时由软件自动生成的前100个代表性基因（实际上只有55个）的数值则都是2-15之间。请问，这个差异是怎样导致的？我的理解是：1.最起码这样筛选出来的基因数量要是一致的，但是实际上是一个60一个55；2.基因的数值不应该相差那么多。