祝老师您好,想请教下用筛选到的所有差异基因做WGCNA计算TOM,总是出现NAN,但若先中数排序挑前N个做就不会有这种情况,是因为差异基因里有太多极小的FPKM值吗?那以什么原则来剔除数据呢?


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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

数据的筛选逻辑是:如果你的基因在各个样本中变化都不大,那么这样的基因可能是管家基因之类的,与肿瘤的发展可能关系也不大,所以这样的基因可以不纳入我们的分析中,以免带来不必要的误差,基于此,前N个怎么选,看你怎么说服自己了,没有金标准说明 变化最大的多少个才是与肿瘤相关的,so~你开心就行

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